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PCR-DGGE解析(DGGE解析)/細菌・アーキア(古細菌)・菌類

複数の生物種が混在する検体から混合核酸を抽出後、片側のプライマーにGCクランプを付加したプライマーセットでPCR 増幅し、増幅された二本鎖DNAが分子量の違いだけではなく、変性のしやすさの違いによる移動度の差を利用して、変性剤濃度勾配ゲルで電気泳動し、バンドとして分離する解析手法です。

 

菌相がバンドパターンとして可視化できることから、例えば、時間系列による微生物群集構造の変化の観察、種々の検体中に存在する優占微生物種の比較や特定微生物種の検出などに応用されています。また、ゲルからDGGEバンドを切り出してDNA塩基配列を決定し、得られたDNA塩基配列に基づき系統解析をすることも可能です。

説明

解析内容・報告形式

「バンド切り出しあり」の場合には、DGGEゲルの写真に、検体ごとに鮮明なバンド(切り出し後、DGGEバンド塩基配列解析で配列が得られる可能性が高いバンド)にアルファベットのa,b,c・・・を付記し、画像として報告します。

 

DGGEバンド塩基配列解析を追加する際の指定番号(例、‐01‐a,‐03‐e)となります。「バンド切り出しなし」の場合、アルファベット表記はありません。

報告形式

対 象

対象カテゴリー 遺伝子領域
細菌 16S rDNA V3領域 (約200 bp)
アーキア(古細菌) 16S rDNA V3領域 (約175 bp)
菌類 28S rDNA D2領域 (約260 bp)
特定分類群、機能遺伝子その他 Lactobacillus属などの特定分類群、機能遺伝子を用いた
DGGE解析を希望される場合、別途お問い合わせください。

解析内容

項 目 内 容
DGGE/PCR
予備試験
・DNA抽出やPCRの阻害物質となる油分などを含む特殊な検体や、微生物量が極めて少ない検体、過去に試験 した実績のない検体で必要です。
・十分なPCR産物が得られることの確認の予備試験を行います。PCR予備試験では、各検体に適したPCR増幅条件の検討を行います。
・依頼書のご記入内容および実検体を確認させていただき、予備試験が必要な場合には、ご提案いたします。
DGGE解析 1.PCR予備試験の条件にて検体を調製し、核酸を抽出(上述のPCR予備試験の内容説明参照)
2.DNAを鋳型としたPCR増幅
3.DGGE解析
4.ゲルの写真撮影
5.ゲルからDNAバンドの切り出し(バンド切り出しありの場合のみ)

検体区分・必要検体量・送付方法

価格・納期

・ 同時にDGGE 解析とRT‐PCR‐DGGE 解析を行われる場合、核酸抽出の費用を値引きします。

・ 表示方法:二次元、三次元がご選択可能です。

・ 帰属分類群の推定は、バンドの位置だけでは判断できません。別途、「DGGE バンド配列解析」をご利用ください。

・ 特殊な検体(油分含有土壌)などは、PCR 増幅反応を著しく阻害する物質が含まれることがあり、これらの影響を受けないような特殊な前処理が必要であることからPCR 予備試験の実施をお奨めします。詳しくは当社までお問い合わせください。

・ 切り出したバンドの返送は、送料および箱代、梱包費用などを含む返送費 2,000 円(税抜)をご負担いただきます。

オプション1

DGGE バンドの数値化として、DGGE 解析の結果(画像)で得られたバンドパターンを数値化します。さらにDGGE 数値化データを用いて、クラスター解析および主成分分析を行います。DGGE 解析の結果は、当社で実施したもの以外でも、画像をご提供いただければ解析を実施可能です。

クラスター分析とは、バンドパターンを数値化したデータを似たものを集めて集落(クラスター)を作り、対象を分類しようという方法です。

主成分分析とは、多くの変数に重み(ウェイト)をつけて少数の合成変数を作る分析方法です。

※1 DGGE バンドの数値化は、同一ゲル上のDGGE バンドに限ります。またバンドの輝度を表す数値を解析に用いるかの条件についてはご選択可能です。

※2 ward 法、群平均法からご選択可能です。

※3 表示方法:二次元、三次元がご選択可能です。

・ 解析方法内容について仕様書を作成し、見積書と共に提案させていただきます。ご注文は仕様書を確認いただいたものとして進めさせていただきます。

オプション2

当社プロトコルによるDGGE 解析以外に、(国研)農業環境技術研究所の農林水産省委託プロジェクト「土壌微生物相の解明による土壌生物性の解析技術の開発」(eDNA プロジェクト)における「PCR-DGGE による土壌細菌・糸状菌相解析法」の泳動条件のDGGE 解析も可能です。なお、DNA 抽出の方法は、当社標準プロトコルによります。eDNA プロジェクトの詳細は、国立研究開発法人農業環境技術研究所のホームページをご参照ください。

eDNA プロジェクトとは、DGGE バンドパターンをデータベース化、比較するものでバンドを切り出しは行いません。DGGE バンド切出しや帰属分類群の推定が必要な場合、「PCR-DGGE 解析(DGGE 解析)/細菌・アーキア・菌類」をご利用ください。

ご依頼前の同意事項

DGGE 解析は、1 回につき16 検体まで同一ゲルでの泳動が可能です。17 検体以上を同時に比較・解析が必要な場合、当社までお問い合わせください。

・DNA 抽出するために特別な前処理が必要な場合には、別途、前処理費用をご負担いただきます。

・特殊な検体(油分含有土壌)などは、PCR 増幅反応を著しく阻害する物質が含まれることがあり、これらの影響を受けないような特殊な前処理が必要であることからPCR 予備試験の実施をお奨めします。詳しくは当社までお問い合わせください。

・ご送付検体の処分が困難な(危険・有害物質の含有等)場合や余剰量が多くある場合、「当社で処分」をご選択された際にも、当社判断により返送させていただくこともあります。

複数検体を一度にご依頼の場合は、

検体リスト(エクセルファイル)をダウンロードして御利用下さい。

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