「微生物試験と理化学分析」両者の経験と技術により、衛生管理から学術研究まで幅広く、トータルサポート致します。

お気軽にお問い合わせ下さい。

054-349-6211

tsl-contact@tecsrg.co.jp

Web カタログ

次世代シーケンス・アンプリコンデータ解析(QIIME)

次世代シーケンス・アンプリコン解析より得られたデータ(各配列)を用いて、微生物相解析のために開発されたパッケージソフトウェアQIIME(http://qiime.org/)で解析します。QIIME はOTU の取得、微生物相の解析、OTU をもとにした系統樹の作成、α レアファクション解析、β 多様性解析 (PCoA 解析)が可能であり、微生物生態学分野の論文で多数使用されています。

 

特徴①リファレンスがつかないOTU 配列に対してもdenovo OTU picking を行うことで検体間の比較ができるため、環境サンプルなどの解析に用いられています。

 

特徴②「αレアファクション解析」, 「β多様性解析」および「タクソノミー解析」では、検体間あるいはカテゴリー間で、OTU 数や構成比、 微生物相の類似性を比較することが可能です。また、各解析で検体間あるいはカテゴリー間に有意差が認められるかを統計学的検定できます。統計解析についてはオプションとなりますので、お問い合わせ下さい。

 

J Gregory Caporaso, et al., QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data. Nature Methods, 2010

解析内容

データベース 内 容 分類群の推定精度
Greengenes database OTU(97%注1))を取得し、系統樹注2)のもとになるファイルを作製します。 門~属
αレアファクション解析、β多様性解析およびクラスター解析(UPGMA)を用いて検体間の比較を行います。検体毎あるいはカテゴリー注3)ごとに、帰属分類群を推定し、各菌群の割合をarea chartおよびbar chartで図示します。

注1) 97%をデフォルトとします。この他のcut-off 条件を希望される場合には、お問い合わせ下さい(追加対応の場合別途費用)

注2) 系統樹につきましては、系統樹のもとになるファイルをご提供し、閲覧可能なソフト(図参照)をご案内します。

注3) 依頼書にて、カテゴリー(検体の種類)をお知らせいただければ、例えば、異なる二系列の間での差をarea chart およびbar chart による図示やαレアファクション解析およびβ多様性解析による解析からも比較が可能です。

報告形式-データ解析とグラフ

バーチャート、エリアチャート

OTU代表配列の類似による系統樹

α多様性(レアファクション)解析、β多様性(レアファクション)解析

クラスター解析(UPGMA)

価格・納期

ご依頼前の同意事項

  • 印刷物による納品も選択頂けます。北海道、沖縄県、九州地方などでは輸送により納品日が変動いたします。
  • 解析が複数検体の場合には、多検体割引が適用されます。
  • 当社次世代シーケンス・アンプリコン解析を行っていないデータの解析をご要望の場合には、別途お問合せください。

複数検体を一度にご依頼の場合は、

検体リスト(エクセルファイル)をダウンロードして御利用下さい。

株式会社テクノスルガ・ラボ

TEL:  054-349-6211

Email:  tsl-contact@tecsrg.co.jp

住所:  〒424-0065 静岡県静岡市清水区長崎330

個人情報保護方針

テクノスルガ・ラボ サービス基本約款

サイトポリシー