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次世代シーケンス・アンプリコンデータ解析(QIIME)

次世代シーケンス・アンプリコン解析より得られたデータ(各配列)を用いて、微生物相解析のために開発されたパッケージソフトウェアQIIME(http://qiime.prg/)で解析します。QIIME はOTU の取得、微生物相の解析, OTU をもとにした系統樹の作成、α レアファクション解析、β 多様性解析 (PCoA 解析)が可能です。微生物生態学分野の論文で多数使用されています。

特徴:リファレンスがつかないOTU 配列に対しても、denovo picking を行うことで、検体間の比較ができるため、環境サンプルなどの解析に用いられる場合が多いです。

 

解析内容

データベース 内 容 分類群の推定精度
Greengenes database
(QIIME推奨)
OTU(97%注1))を取得し、系統樹注2)のもとになるファイルを作製します。 属~門レベル
検体毎あるいはカテゴリー注3)毎に、帰属分類群を推定し、各菌群の割合をareachart およびbar chart により図示します。αレアファクション解析、β多様性解析およびクラスター解析(UPGMA)を用いて検体間の比較を行います。

注1) 97%をデフォルトとしますが、この他のCutt of 条件を希望される場合、お問い合わせください(追加対応の場合別途費用)

注2) 系統樹につきましては、系統樹のもとになるファイルをご提供し、閲覧可能なソフト(図参照)をご案内します。

注3) 依頼書にて、カテゴリー(検体の種類)をお知らせいただければ、例えば、異なる二系列の間での差をarea chart およびbar chart による図示やαレアファクション解析およびβ多様性解析による解析からも比較が可能です。

報告形式-データ解析とグラフ

バーチャート、エリアチャート

OTU代表配列の類似による系統樹

α多様性(レアファクション)解析、β多様性(レアファクション)解析

クラスター解析(UPGMA)

価格・納期

※ タクソノミー解析(帰属分類群の推定)、α多様性(レアファクション)解析、β多様性(レアファクション)解析, クラスター解析(UPGMA)からの選択となります。

ご依頼前の同意事項

  • 解析が複数検体の場合には、多検体割引が適用されます。
  • 当社次世代シーケンス・アンプリコン解析を行っていないデータの解析をご要望の場合には、別途お問合せください。

複数検体を一度にご依頼の場合は、

検体リスト(エクセルファイル)をダウンロードして御利用下さい。

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