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次世代シーケンス・アンプリコン データ解析/ベン図作成

ベン図は検体間の微生物相の関係性と範囲を視覚的に図式したものです。抗生物質の投与や被験者の性別など、ある条件下の微生物相の違いをベン図に表すことで、共通または特異的な微生物相の種数とそのtaxonomyを確認することができます。

 

解析概要

QIIMEやMetagenome@KINなどの次世代シーケンス・アンプリコン解析ソフトから出力されたtaxonomyと各検体のリード数を含むデータテーブル(OTU Table、data frameなど)から、種〜門の範囲で分類階級をご選択頂き、R(”VennDiagram” パッケージ)を用いてベン図を作図します。

ベン図の作図は2検体から5検体間を対象とし、ベン図および検体間の微生物相を示す表を提供します。

 

作図に使用データテーブルの参考例

作図に使用するデータテーブル データテーブル作成に
使用する解析ソフト
作図で選択可能な分類階級
OTU Table
(biomファイル)
【taxonomyおよび各検体のリード数を含む】
QIIME 門~種
data frame
(tsvファイル)
【taxonomyおよび各検体のリード数を含む】
Metagenome@KIN

報告形式-データ解析とグラフ

次世代シーケン・アンプリコンデータ解析(ベン図)※1

※1 図表データのみの納品となります。

価格・納期

ご依頼前の同意事項

  • 解析が複数検体の場合には、多検体割引が適用されます。

複数検体を一度にご依頼の場合は、

検体リスト(エクセルファイル)をダウンロードして御利用下さい。

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