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次世代シーケンス・アンプリコンデータ解析(RDP, 微生物同定データベース)

次世代シーケンス・アンプリコン解析より得られたデータ(各配列)の帰属分類群を推定するためには、当社「テクノスルガ・ラボ微生物同定システム」注1)のデータベースまたはRibosomal database project (RDP) による解析が必要です。当社データベースは、種レベルでの解析が可能ですが、検体の種類によりRDPによる解析、あるいは両データベースを用いた解析が好ましい場合もあります。

解析内容

データベース 内  容 分類群の推定精度


Ribosomal database project
(RDP): Multiclassifier
RDPによる帰属分類群の推定を行います。
検体ごとに各分類群と配列数を表記します。



属~門
検体ごとの菌群数をもとに属~門レベルのドーナツグラフを作製します。
また検体間の比較グラフの作製およびクラスター解析・
主成分分析を用いて検体間の比較を行います注2)。


テクノスルガ・ラボ
微生物同定データベース注1)
当社微生物同定データベースによる相同性検索を行います。
検体ごとに各菌群名と配列数を表記します。



種~門
検体ごとの菌群数をもとに種~門レベルのドーナツグラフを作製します。
また検体間の比較グラフの作製およびクラスター解析・
主成分分析を用いて検体間の比較を行います注2)。

注1) 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センターのご支援により当社が開発したテクノスルガ・ラボ微生物同定データベースは、帰属分類群の推定に重要である基準株やタイプ株などに由来するDNA配列データで構成されています。

注2) クラスター解析および主成分分析はMetagenome@kin(株式会社ワールドフュージョン)を用いて解析します。他のソフトを用いて解析を希望される場合には、別途ご連絡ください(別途費用)。クラスター解析では、クラスタリング手法(群平均法;UPGMA)および距離関数(ピアソンの相関係数)をデフォルト設定としていますが、このほかの設定を希望される場合には、予めご連絡ください。クラスター解析および主成分分析は2検体以下の場合は、実施できません。

報告形式-データ解析とグラフ

ドーナツグラフ

各検体で得られたDNA塩基配列の帰属分類群を門、網、目、科、属、種の各階層で、ドーナツグラフの中心から外側へ順に示します。

異なる分類階層(門~属または種レベル)の帰属分類群とその割合を一つのグラフで同時に示すことで、群集構造の理解を視覚的にサポートします。

htmファイルで納品します。グラフ上でカーソルを移動することにより、各階層の各分類群の名前が表示されます。

検体間比較グラフ

RDPでは属~門レベルまで、テクノスルガ・ラボ微生物同定データベースでは種~門レベルの各分類階層で、帰属分類群の内訳を示します。図は、糞便、唾液、皮膚、土壌、汚泥、河川水の計6検体を種レベルで比較した結果を示します。

ドーナツグラフ

デンドログラムおよび、ヒートマップ画像が階層(種(属)~門レベル)ごとに作成されます。

主成分分析

主成分の二次元プロット画像が階層ごと(種または属~門レベル)に作成されます。検体間の類似度の違いを散布図で示します。

価格・納期

※ 菌類の解析は、RDP解析に限ります。

ご依頼前の同意事項

  •  微生物同定データベースにおけるBLAST のcutt off 条件は、相同率97%となっておりますが、この他の相同率の設定も可能ですのでお問い合わせください。ただし、相同率が低い場合にヒットした細菌種は、最近縁種となりますので予めご留意ください。
  • 解析が複数検体の場合には、多検体割引が適用されます。
  • 当社次世代シーケンス・アンプリコン解析を行っていないデータの解析をご要望の場合には、別途お問合せください

複数検体を一度にご依頼の場合は、

検体リスト(エクセルファイル)をダウンロードして御利用下さい。

株式会社テクノスルガ・ラボ

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住所:  〒424-0065 静岡県静岡市清水区長崎330

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