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MALDI微生物同定試験

午前中の検体受領で即日報告します!

MALDI 微生物同定試験は、MALDI-TOF/MS 法を用いた新しい微生物の同定方法です。DNA 塩基配列解析を用いた手法に比べ、コスト面と迅速性に優れています。MALDI-TOF/MS (VITEK MS™ plus, bioMérieux, SA, Lyon, France) を用いて微生物菌体由来の総タンパク質のマススペクトルを取得します。得られたピークの多くは、リボソームタンパク質に由来します。菌体タンパク質のマススペクトルをデータベースと照合し、パターンマッチングすることによって、種レベルの同定を行います。

 

MALDI 微生物同定試験では、VITEK MS™ plus が搭載する2 種類のデータベース(解析データベース参照)との照合の結果から、同定結果を導きます。各データベースは、DNA 塩基配列のデータベースに比べ登録種数は少ないものの、衛生管理上で問題となる主要な食中毒菌などを含みます。データベースとの照合の結果、一致(類似)するスペクトルパターンが存在しない場合には同定結果を得ることができませんが、衛生管理上で問題となるこれらの菌種であるかどうかの迅速判断に適していると言えます。

 

報告書には、「VITEK MS™ Knowledge base V3.0」および「SARAMIS™ Knowledge Base」の2 つのデータベースと照合した結果から、何れかのデーターべースで得られた候補菌種と信頼値、バイオセーフティレベル(BSL)を報告します。

 

また、多検体のグルーピングやスクリーニング、過去にMALDI 微生物同定試験を依頼して頂いた検体との比較・照合は、MALDI 微生物同定試験で得られたマススペクトルをデータベース化し、マススペクトルを用いた「MALDI クラスター解析」を行うことにより可能です。DNA 塩基配列を用いたグルーピングに比べ、MALDI-TOF/MS を用いたグルーピングは、MALDI 微生物同定試験同様にコスト面および迅速性に優れています。詳細は次ページを参照して下さい。

 

【MALDI-TOF MS】

Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization(マトリックス支援レーザー脱離イオン化法)とTime of Flight Mass Spectrometry(飛行時間型質量分析法)の組み合わせにより、生体高分子(タンパク質など)の質量を決定する方法です。

 MALDIは、多量のマトリックス(Matrix)と均一に混合した分析試料は、窒素レーザー光を照射することでマトリックスが急速に加熱され、分析試料とともに気化、イオン化します。分析試料がほとんど分解されないソフトな条件でイオン化する特徴を有します。

 TOF-MSは、イオン化された分析試料を、質量電荷比m/z値の違いでイオンの飛行時間が異なることを利用して質量分析を行う方法です。

 本法は、2002年にノーベル化学賞を受賞された、(株)島津製作所の田中耕一博士によって発見された方法を応用していることでも知られています。

【VITEK MS™ Knowledge base V3.0】 登録菌種数1,100菌種

登録菌種数に対し、約30,000スペクトル(一般細菌: 27,000/酵母&カビ: 3,000)を収録し、1菌種あたりの登録スペクトルは、10株以上から取得したマススペクトルで構成されます。菌種に特有のマススペクトルを明確化することにより、種内における菌株間や培養条件によって認められるスペクトルパターンの違いを許容でき、高い精度での同定結果が期待できます。臨床現場で検出される菌種の94.8%をカバーし、さらに食品の品質劣化や、安全性で問題となる各種微生物を搭載しています。

 

【SARAMIS™ Knowledge Base】登録菌種数 約1,500菌種

SuperSpectraTMおよびReferenceSpectraの2つのデータで構成されます。SuperSpectraTMは、複数の菌株、測定条件で得られた各微生物種のマススペクトルから安定して検出されるマーカーとなる(各菌種に特徴的な)ピーク群を抽出し、構築されています。分類レベルごとに、マーカーとなるピークの重みづけがなされていることから、より精度の高い同定結果が期待できます。

【解析データベース】

オプション MALDIクラスター解析(細菌・酵母)

MALDI微生物同定試験+精度の高いDNA塩基配列解析」で洗練されたお客様専用データベース作成を支援!

MALDIクラスター解析は、16S rDNAなどの遺伝子のDNA塩基配列を用いた比較やグルーピングと比べ、コスト面と迅速性において格段に優れています。

 

高頻度で分離されるVITEK MS™ plus に登録のない種も同定できれば、MALDI微生物同定試験はより有用になります。VITEK MS™ plus に登録のない種についても、低コストかつ迅速というMALDI微生物同定試験の特性を活かしたまま同定できるように、また、MALDI微生物同定試験においてより多くの情報が得られるように、当社ではお客様専用のMALDIユーザーデータベース作成とMALDIクラスター解析を通じて支援いたします。

 

分離場所や分離源、微生物の発生時期などのご指定条件でのデータ管理にも対応いたしますので、お気軽にご相談ください。

クラスター解析報告例

おすすめの例

衛生管理などの現場で日常的に分離される検体と、過去に分離された検体との照合やグルーピング

スクリーニングを目的とした多数の検体のグルーピング

DNA塩基配列解析を組み合わせることで、VITEK MS™ plusに登録のない種もMALDIクラスター解析で同定可能に!

繰り返し分離される「VITEK MS™ plusに登録のないある特定の種」は、DNA塩基配列解析により同定しておくことにより、新規検体がMALDIクラスター解析において、DNA塩基配列解析で同定した特定の種と65%以上の相同率でクラスタリングすればその種と同種と推定できます。

報告書サンプル

必要検体量・送付方法

検体受付の前営業日 午後5時までに依頼書をE-メールまたはFAXで送信ください。

注1) 酵素基質培地などの特定の菌群の分離を目的とした選択培地や色素を含む培地は良好な結果が得られないことがあります。このよ うな培地で分離をされた菌株は、推奨培地に挙げたような栄養培地に植え継いだ純粋培養物をご用意下さい。

注2) 原則、当社では培養を行わず、ご送付検体の菌体を使用し解析を行います。

注3) VITEK MS™のデータベースは、当リファレンスに記載の培地で培養した株のデータにより構築されています。

注4) 手法の特性上、培養時間が極端に長い、培養後大幅に時間が経過している、また、一旦冷蔵保存した検体などは解析に適しておりません。

注5) 混釈培養物は即時解析できません。平板塗抹による純粋培養物を用意して頂くか、培養確認(1,000 円(税抜)~/株)を依頼して下さい。

価格・納期

DNA塩基配列解析とのセット価格※4

「MALDI 微生物同定試験と同時※5」、もしくは「MALDI 微生物同定試験の結果を見てから必要に応じて開始」からご選択いただけます。

「MALDI 微生物同定試験の結果を見てから必要に応じて開始」をご選択の場合は、DNA 塩基配列解析が不要と判

断され、追加分析を中止された場合には、DNA 塩基配列解析の費用は生じません。

 

細菌:16S-500Rapid/2 または3 営業日中間報告, 16S-500 簡易報告 または詳細報告

酵母: D1/D2Rapid/2 または3 営業日中間報告, ITS-5.8SRapid/2 または3 営業日中間報告,

    D1/D2 簡易報告 または詳細報告,ITS-5.8S 簡易報告 または詳細報告

【適用可能なDNA 塩基配列解析】

※1 印刷物による納品も選択して頂けます。その場合、オンライン納品日の発送となります。北海道、沖縄県、九州地方などでは、輸送日数により納品日数が異なります。

※2 MALDI 微生物同定試験と同時の依頼に限ります。クラスター解析の結果はMALDI 微生物同定試験の報告書に含みます。

※3 計3検体以上で解析可能です。お客様のMALDI ユーザーデータベースへの登録手数料を含みます。クラスター解析を依頼して頂くと、指定の検体のマススペクトルをお客様専用の既存のMALDI ユーザーデータベースに追加登録のうえ、クラスター解析を行います。

※4 各試験・分析項目の詳細は、該当するページをご参照ください。

※5 MALDI微生物同定試験と同時で中止する場合、中止までに実施した作業内容と結果を報告の上、作業の費用全額を請求したします。

 

ご依頼前の同意事項

・見積書・注文書の取り交わしを省略し、依頼書および検体の到着をもって注文とし、試験を開始します。

・純粋培養された検体に限ります(混釈培養培養は不可)。

・混釈培養物は即時解析できません。平板塗抹による純粋培養物を用意して頂くか、培養確認(1,000円(税抜)~/株)を依頼して下さい。

・コンタミネーションにより単離が必要な検体および当社で再度の培養を行う必要がある検体の納期は、培養確認終了後からの適用となります。

・検体受付の前日の直近営業日 午後5時までに依頼書の到着がない場合、所定の日数での報告ができないことがあります。

・MALDI微生物同定試験では、データベースの菌種の総タンパク質マススペクトルとのパターンマッチングによります。登録されている菌種と異なる菌種であっても、同様のマススペクトルを示した場合にはその菌種が被検菌株の同定結果として得られることがあります。

・極度に菌体量が少ない検体やコロニーのサイズが小さい検体では、結果が得られないことがあります。

・「複数株の混在(コンタミネーション)」、「培養後日数が大幅に経過している」、「死菌体」など、検体の状態が原因で良好な結果が得られないことがあります。その場合には、作業内容と結果をご報告の上、作業の費用全額を請求したします。

・被検菌株がデータベースに登録の無い菌種であった場合、同定結果を得ることができません。その場合にも、作業内容と結果を報告のうえ、作業の費用全額を請求いたします。

・スラント、保存アンプル作製などの培養を含む追加試験・分析を行う場合、別途、菌株の再送をお願いすることがあります。

・試験・分析の結果、国立感染症研究所の「病原体等安全管理規定(第三版)」および日本国独自リストのバイオセーフティレベル(BSL)3 以上の可能性が高いと判断された場合には、連絡のうえ、当社にて検体を処分させて頂きます。

・MALDI 微生物同定 試験では形態観察を含まないため、菌類のテレオモルフ(有性時代)とアナモルフ(無性時代)の判別はできません。

・当社プロトコールに基づき、VITEK(R) MS Plus を使用して検体のタンパク質マススペクトルを取得します。

寒天培地の表面に十分量のコロニーが存在する事を確認のうえ、ご希望の単一コロニーをご指定下さい

ご指定なき場合や十分量のコロニーが確保できない場合は、弊社にて培養確認(有料)を行わせていただきます。

複数検体を一度にご依頼の場合は、

検体リスト(エクセルファイル)をダウンロードして御利用下さい。

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