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MALDI微生物同定試験

午前中の検体受領で即日報告します!

MALDI 微生物同定試験は、MALDI-TOF/MS法を用いた新しい微生物の同定方法です。DNA塩基配列解析を用いた手法に比べ、コスト面と迅速性に優れています。MALDI-TOF/MS (VITEK MS™ plus, bioMérieux) を用いて微生物菌体由来の総タンパク質のマススペクトルを取得します。得られたピークの多くは、リボソームタンパク質に由来します。菌体タンパク質のマススペクトルをデータベースと照合し、パターンマッチングすることによって、種レベルの同定を行います。

 

VITEK MS™ plusが搭載する2種類のデータベース(解析データベース参照)は、DNA塩基配列のデータベースに比べ登録種数は少ないものの、衛生管理上で問題となる主要な食中毒菌などを含みます。データベースとの照合の結果、一致(類似)するスペクトルパターンが存在しない場合には同定結果を得ることができませんが、衛生管理上で問題となるこれらの菌種であるかどうかの迅速判断に適していると言えます。

 

報告書には、「VITEK MS™ Knowledge base V2.0」および「SARAMIS™ Knowledge Base」の2つのデータベースと照合した結果から、何れかのデーターべスで得られた候補菌種とその信頼値、バイオセーフティレベル(BSL)、照合の結果から推定される菌種などの情報をまとめます。

 

また、多検体のグルーピングやスクリーニング、過去にMALDI微生物同定試験をご依頼いただいた検体との比較・照合は、MALDI微生物同定試験で得られたマススペクトルをデータベース化し、マススペクトルを用いた「MALDIクラスター解析」を行うことにより可能です。DNA塩基配列を用いたグルーピングに比べ、MALDI-TOF/MSを用いたグルーピングは、MALDI微生物同定試験同様にコスト面および迅速性に優れています。

 

Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization(マトリックス支援レーザー脱離イオン化法)とTime of Flight Mass Spectrometry(飛行時間型質量分析法)の組み合わせにより、生体高分子(タンパク質など)の質量を決定する方法です。

 MALDIは、多量のマトリックス(Matrix)と均一に混合した分析試料は、窒素レーザー光を照射することでマトリックスが急速に加熱され、分析試料とともに気化、イオン化します。分析試料がほとんど分解されないソフトな条件でイオン化する特徴を有します。

 TOF-MSは、イオン化された分析試料を、質量電荷比m/z値の違いでイオンの飛行時間が異なることを利用して質量分析を行う方法です。

 本法は、2002年にノーベル化学賞を受賞された、(株)島津製作所の田中耕一博士によって発見された方法を応用していることでも知られています。

【MALDI-TOF MS】

 

 

【VITEK MS™ Knowledge base V2.0】  登録菌種数755菌種 (細菌:約650種/酵母&カビ:約105種)

登録菌種数に対し、約30,000スペクトル(一般細菌: 27,000/酵母&カビ: 3,000)を収録し、1菌種あたりの登録スペクトルは、10株以上から取得したマススペクトルで構成されます。菌種に特有のマススペクトルを明確化することにより、種内における菌株間や培養条件によって認められるスペクトルパターンの違いを許容でき、高い精度での同定結果が期待できます。臨床現場で検出される菌種の94.8%をカバーし、さらに食品の品質劣化や、安全性で問題となる各種微生物を搭載しています。

 

【SARAMIS™ Knowledge Base】登録菌種数 約1,200菌種 (細菌:約950種/酵母:約100種/カビ:約150種・藻類を含む)

SuperSpectraTMおよびReferenceSpectraの2つのデータで構成されます。SuperSpectraTMは、複数の菌株、測定条件で得られた各微生物種のマススペクトルから安定して検出されるマーカーとなる(各菌種に特徴的な)ピーク群を抽出し、構築されています。分類レベルごとに、マーカーとなるピークの重みづけがなされていることから、より精度の高い同定結果が期待できます。また、SuperSpectraTMだけでなく、各菌株から取得されたReferenceSpectraとの照合を行うことにより、最も近縁なスペクトルデータを検索することができます。

【解析データベース】

オプション MALDIクラスター解析(細菌・酵母)

MALDI微生物同定試験+精度の高いDNA塩基配列解析」で洗練されたお客様専用データベース作成を支援!

MALDIクラスター解析は、16S rDNAなどの遺伝子のDNA塩基配列を用いた比較やグルーピングと比べ、コスト面と迅速性において格段に優れています。

 

高頻度で分離されるVITEK MS™ plus に登録のない種も同定できれば、MALDI微生物同定試験はより有用になります。VITEK MS™ plus に登録のない種についても、低コストかつ迅速というMALDI微生物同定試験の特性を活かしたまま同定できるように、また、MALDI微生物同定試験においてより多くの情報が得られるように、当社ではお客様専用のMALDIユーザーデータベース作成とMALDIクラスター解析を通じて支援いたします。

 

分離場所や分離源、微生物の発生時期などのご指定条件でのデータ管理にも対応いたしますので、お気軽にご相談ください。

クラスター解析報告例

おすすめの例

衛生管理などの現場で日常的に分離される検体と、過去に分離された検体との照合やグルーピング

スクリーニングを目的とした多数の検体のグルーピング

DNA塩基配列解析を組み合わせることで、VITEK MS™ plusに登録のない種もMALDIクラスター解析で同定可能に!

繰り返し分離される「VITEK MS™ plusに登録のないある特定の種」は、DNA塩基配列解析により同定しておくことにより、新規検体がMALDIクラスター解析において、DNA塩基配列解析で同定した特定の種と65%以上の相同率でクラスタリングすればその種と同種と推定できます。

報告書サンプル

必要検体量・送付方法

検体受付の前営業日 午後5時までに依頼書をE-mailまたはFAXで送信ください。

注1) 酵素基質培地などの特定の菌群の分離を目的とした選択培地や色素を含む培地は良好な結果が得られない場合があります。このような培地で分離をされた菌株は、適応培地に挙げたような一般的な培地に植え継いだ純粋培養物をご用意ください。

注2)原則、当社では培養を行わず、ご送付検体の菌体を使用し分析を行います。

注3) 手法の特性上、培養時間が極端に長い、培養後大幅に時間が経過している、また、一旦冷蔵保存した検体などは試験に適しておりません。

価格・納期

MALDI 微生物同定試験

DNA塩基配列解析とのセット価格※5

「MALDI 微生物同定試験と同時※6」、もしくは「MALDI 微生物同定試験の結果を見てから必要に応じて開始」からご選択いただけます。

「MALDI 微生物同定試験の結果を見てから必要に応じて開始」をご選択の場合は、DNA 塩基配列解析が不要と判

断され、追加分析を中止された場合には、DNA 塩基配列解析の費用は生じません。

 

細菌:16S-500Rapid/2 または3 営業日中間報告, 16S-500 簡易報告 または詳細報告

酵母: D1/D2Rapid/2 または3 営業日中間報告, ITS-5.8SRapid/2 または3 営業日中間報告,

    D1/D2 簡易報告 または詳細報告,ITS-5.8S 簡易報告 または詳細報告

【適用可能なDNA 塩基配列解析】

  • 1 印刷報告書へ変更をご希望の場合、納期は+1営業日とし、追加費用2,000円を生じます。
  • 2 MALDI微生物同定試験と同時のご依頼に限ります。クラスター解析の結果はMALDI微生物同定試験の報告書に含みます。
  • 3 計3検体以上で解析可能です。既存MALDIユーザーデータベースへの新規登録手数料を含みます。クラスター解析をご依頼いただくと、新規でご依頼の検体のマススペクトルを既存のMALDIユーザーデータベースに追加登録の上、クラスター解析を行います。
  • 4 MALDI クラスター解析を初めてご依頼の際、過去のご報告データとの比較をご希望の場合には、過去のご報告データを一括登録するためにユーザーデータベース新規作成を併せてご依頼ください。
  • 5 各試験・分析項目の詳細は、該当するページをご参照ください。
  • 6 MALDI 微生物同定試験と同時で中止する場合、中止までに実施した作業内容と結果をご報告の上、作業の費用全額をご請求します。

ご依頼前の同意事項

見積書・注文書の取り交わしを省略し、依頼書および検体のご到着をもって注文とし、試験を開始します。に同意していただきます。

検体受付の前営業日 午後5時までに依頼書の到着がない場合、所定の日数での報告ができない場合があります。

・ VITEK®, VITEK MS™, SARAMIS™およびSuperSpectra™は、bioMérieux社およびその子会社の登録商標または商標です。

・ 当社プロトコールに基づき、VITEK® MS Plusを使用して検体のタンパク質マススペクトルを取得します。

MALDI微生物同定試験では、データベースの菌種の総タンパク質マススペクトルとのパターンマッチングによります。登録されている菌種と異なる菌種であっても、同様のマススペクトルを示した場合にはその菌種が被検菌株の同定結果として得られる場合があります。

被検菌株がデータベースに登録の無い菌種であった場合、同定結果を得ることができません。その場合にも、作業内容と結果をご報告の上、作業の費用全額をご請求します。

○ MALDI微生物同定 試験では形態観察を含まないため、菌類のテレオモルフ(有性時代)とアナモルフ(無性時代)の判別はできません。

・ 純粋培養された検体に限ります。

・ 極度に菌体量が少ない検体やコロニーのサイズが小さい検体では、結果が得られないことがあります。

純粋性や菌体量に不安がある場合には、培養確認(別途、1,000円~/株)をお勧めします。

・「複数株の混在(コンタミネーション)」、「培養後日数が大幅に経過している」、「死菌体」 など、検体の状態が原因で良好な結果が得られない場合があります。その場合には、作業内容と結果をご報告の上、作業の費用全額をご請求します。

・ ABI PRISM®は、Life Technologies社の登録商標です。

「必要検体量・送付方法」に示す推奨培養時間を大幅に経過している場合には再培養(別途、1,000円~/株)をお勧めします。

・ 当社で培養を行い、試験・分析を行う場合の納期は、培養確認終了後からの適用となります。

・スラント、保存アンプル作製などの培養を含む追加試験・分析を行う場合、別途、株の再送をお願いすることがあります。

寒天培地の表面に十分量のコロニーが存在する事を確認のうえ、ご希望の単一コロニーをご指定下さい

ご指定なき場合や十分量のコロニーが確保できない場合は、弊社にて培養確認(有料)を行わせていただきます。

複数検体を一度にご依頼の場合は、

検体リスト(エクセルファイル)をダウンロードして御利用下さい。

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