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酵母DNA塩基配列解析

DNA 塩基配列に基づく同定には、右表の3 種類のメニュ

ーを用意しています。

 

酵母の同定では、26S rDNA‐D1/D2 領域の解析を使った

解析が主流となっています。

当社では、DNA 塩基配列決定後、国際塩基配列データベ

ース(DDBJ/ENA(EMBL)/GenBank)に対して得られたDNA塩基配列の相同性検索を実施します。

 

さらに、簡易および詳細報告形式では、当社で微生物の同定用に開発した微生物同定システム「ENKI」で解析します。本システム搭載の「微生物同定用データベース」は、帰属種の同定に重要である基準株(標準株)に由来するDNA塩基配列データなどで構成されていますので、高い精度で確実な帰属・近縁種の絞り込みが可能です。

検索内容

1)シークエンス(BLAST検索付)まで

  • DNA塩基配列
  • 国際塩基配列データベース照合の結果の上位30位

2)簡易報告形式

  • 「シークエンス(BLAST検索付)まで」の内容

 +当社開発微生物同定用データベースとの照合結果の上位30位

 +系統樹

 +同定結果

3)詳細報告形式

  • 「簡易報告形式」の内容

 +結論に至るまでの説明・考察文

26S rDNA のほかにも、必要に応じて機能遺伝子のDNA 塩基配列に基づく分子系統解析や、複数の異なる遺伝子を組み合わせたマルチローカス遺伝子解析も行います。

 

 

分析内容

分析項目

説明

酵母 D1/D2

26SrDNAのD1/D2領域

酵母の種レベルの同定には、D1/D2 領域がもっとも有効です。

酵母 ITS-5.8S

ITS1+5.8S rDNA+ITS2

一部の分類群では帰属・近縁種の推定に有効です。

その他、機能遺伝子解析、マルチローカス遺伝子解析をご希望される場合は、お問い合わせください。

価格・納期

オプション

酵母 培養確認 簡易形態観察 細胞形態 顕微鏡 特徴 系統樹 分子系統解析 国際塩基配列データベース 標準株 学術論文 アライメント マルチコピー ギャップ

・特殊な系統樹の作成には、追加費用が必要なことがあります。詳しくはお問い合わせ下さい。

ご依頼前の同意事項

・印刷物による納品も選択して頂けます。北海道、沖縄県、九州地方などでは輸送により納品日が変動いたします。

詳細報告、簡易報告の特急解析は、当社注文書受領翌日を起算日とし、「5営業日に速報」「価格は2割増」「同時依頼は8株まで」の条件を基本としています。

常用培地以外の培地や嫌気条件などをご指定の場合、追加費用が必要となります。

・特急解析の場合の中間報告は、DNA 塩基配列を用いた相同性検索の結果をE-メール、またはFAX で報告します。

・多検体での依頼の場合の分析の目安日数は、記載の目安納期を延長することがあります。別途お問い合わせ下さい。

・DNA 塩基配列データおよびシークエンス波形データ(PDF 形式)は、報告時にお届けします。

・DNA 抽出物でのご依頼は、PCR 増幅を確認している検体に限らせて頂きます。

・PCR 産物でのご依頼は、原則としてお断りいたします。

・「DNA 抽出、精製」、「PCR 増幅」、「シークエンス(両鎖)」にてそれぞれ良好な結果が得られず、DNA 塩基配列が決定できない場合は、条件を1回のみ変更して再解析します。再解析でもシークエンスが得られない場合は、作業内容と結果を報告のうえ、それまでに行った作業の費用全額を請求いたします。特殊なプロトコールが必要とされる検体は、事前にお問い合わせ下さい。

・「培養確認不要」を選択のうえで分析し、別生物種の混在(コンタミネーション)によりDNA 塩基配列が決定できない場合は、作業内容と結果を報告のうえ、それまでに行った作業の費用全額を請求いたします。純粋性に不安がある場合は、培養確認(無料)をお勧めします。

・分類群によっては、複数の帰属種の同定候補がある場合や新規分類群に該当する可能性がある場合などで、帰属・近縁種の同定が困難なことがあります。

・当社標準プロトコールに基づき、ダイレクトシークエンスにより決定します。

・試験・分析の結果、国立感染症研究所の「病原体等安全管理規定(第三版)」および日本国独自リストのバイオセーフティレベル(BSL)3 以上の可能性が高いと判断された場合には連絡のうえ、当社にて検体を処分させて頂きます。

複数検体を一度にご依頼の場合は、

検体リスト(エクセルファイル)をダウンロードして御利用下さい。

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