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きのこ同定試験(DNA塩基配列解析、きのこStandard)

きのこの同定には、従来の子実体の形態的特徴に基づく手法に加えて、DNA 塩基配列(ITS-

5.8S rDNA 領域および28S rDNA-D1/D2 領域)を使った解析がよく用いられています。

分類群ごとに一方の遺伝子を重要視するなどによるデータ登録数の充実の程度が大きく異なり、分類群に適した領域を選択する必要があります。当社では、DNA 塩基配列決定後、得られたDNA 塩基配列を国際塩基配列データベース(DDBJ/ENA(EMBL)/GenBank)に参照し、帰属・近縁種の同定に必要な標準株や標本などのDNA 塩基配列データを取得し、分子系統樹を作成します。

 

また、きのこの帰属・近縁種を同定する場合に、「DNA 塩基配列解析」と「形態観察」を組合わせた試験セットとして、Standard

試験があります。単独での試験よりも精度の高い同定が期待できます。

 

説明

分析内容

分析項目

きのこITS-5.8S rDNA

ITS1+5.8S rDNA+ITS2

きのこを含めた菌類では、ITS領域のデータベース化が進んでおり、帰属・近縁種の推定に有効です。種レベルの同定に有効な分類群が多数あります。

説明

きのこ28S rDNA-D1/D2

28S rDNAのD1/D2領域

きのこの幅広い分類群に対応が可能ですので、帰属・近縁種のおおまかな推定に有効です。

きのこStandard

「きのこITS-5.8S rDNA+分子系統解析、またはきのこ28S rDNA-D1/D2+分子系統解析」+「簡易形態観察」の試験セットです。

価格・納期

ご依頼前の同意事項

・印刷物による納品も選択して頂けます。北海道、沖縄県、九州地方などでは輸送により納品日が変動いたします。

・多検体での依頼の場合の目安日数は、お問い合わせ下さい。

ご指定の株間での配列比較(2株間比較1,000 円(税別)/式、3 株間比較2,000 円)税別)/式)も対応いたします。

・中間報告は、DNA 塩基配列を用いた相同性検索の結果をE-メール、またはFAX で報告します。全試験終了後に報告書をお届けします。

・DNA 塩基配列データおよびシークエンス波形データは、報告時にお届けします。

・きのこの検体は子実体または培養物でお送り下さい。

・DNA 抽出物でのご依頼は、PCR 増幅を確認している検体に限らせて頂きます。

・PCR 産物でのご依頼は、原則としてお断りいたします。

・きのこの子実体の状態によっては「DNA 抽出、精製」、「PCR 増幅」、「シークエンス(両鎖)」にてそれぞれ良好な結果が得られず、DNA 塩基配列が決定できない場合は、条件を1回のみ変更して再解析します。再解析でもシークエンスが得られない場合は、作業内容と結果を報告のうえ、それまでに行った作業の費用全額を請求いたします。特殊なプロトコールが必要とされる検体は、事前にお問い合わせ下さい。

・簡易形態観察はお送り頂いた子実体の観察です。子実体の状態によっては同定する際の特徴的な形態が観察できないこともあります。

・DNA 塩基配列解析は、当社標準プロトコールに基づき、ダイレクトシークエンスにより決定します。

複数検体を一度にご依頼の場合は、

検体リスト(エクセルファイル)をダウンロードして御利用下さい。

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