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カビDNA塩基配列・分子系統解析(ITS-5.8S,28S rDNA-D1/D2領域)

カビの同定には、ITS-5.8S rDNA領域、および28S rDNA-D1/D2領域を使った解析が主流となっています。ただし、分類群ごとに一方の遺伝子を重要視するなどによるデータ登録数の充実の程度が大きく異なり、分類群に適した領域を選択する必要があります。

 

当社では、DNA塩基配列決定後、国際塩基配列データベース(GenBank/DDBJ/EMBL)に対して得られたDNA塩基配列の相同性検索を実施します。

さらに、ITS-5.8S rDNA領域、および28S rDNA-D1/D2領域を解析対象遺伝子とする場合(簡易報告および詳細報告形式)には、当社が微生物同定用に開発した「テクノスルガ・ラボ微生物同定システム」で解析します。

検索内容

シークエンス(BLAST検索付)まで

  • DNA塩基配列
  • 国際塩基配列データベース照合の結果の上位30位

簡易報告形式

  • 「シークエンス(BLAST検索付)まで」の内容

 +当社開発微生物同定用データベースとの照合結果の

  上位30位

 +系統樹

 +同定結果

詳細報告形式

  • 「簡易報告形式」の内容

 +結論に至るまでの説明・考察文

「テクノスルガ・ラボ微生物同定システム」のデータベースは帰属種の同定に重要である標準株や標本などに由来するDNA塩基配列データなどで構成されていますので、帰属・近縁種の推定が可能です。幅広い菌類の高次分類群の推定に最適な18S rDNAの解析や必要に応じて他の機能遺伝子のDNA塩基配列に基づく分子系統解析や、複数の異なる遺伝子を組み合わせたマルチローカス遺伝子解析も行います。

 

また「培養純度に不安がある」「DNA抽出がうまくいかない」「PCR産物で依頼したい」など、あらゆるご要望に対応するとともに、様々な目的や分類レベルなどに応じた試験内容をご提案します。

分析内容

分析項目

説明

カビITS‐5.8S

ITS1+5.8S rDNA+ITS2

カビでは、ITS領域のデータベース化が進んでおり、帰属・近縁種の推定に有効です。種レベルの同定に有効な分類群が多数あります。

日本薬局方の「遺伝子解析による微生物の迅速同定法」に準用します。

カビD1/D2

28S rDNAのD1/D2領域

カビの幅広い分類群に対応が可能ですので、帰属・近縁種のおおまかな推定に有効です。

カビ18S

18S rDNAのほぼ全長

一般的に目~科レベルで分類群を推定することに有効とされます。特に有性・無性の生殖器官を形成せず、菌糸しか観察されないような分類群に対しては、まず最初に高次分類群の推定をする解析として適しています。

β-tubulin

(ベータチューブリン)

Penicillium 属(およびAspergillus 属)の種同定に有効であり、形態観察やITS領域解析で種群を絞り込んでからの追加試験として有効です。

Calmodulin

(カルモジュリン)

Aspergillus 属(およびPenicillium 属群の一部)の種同定に有効な遺伝子です。特に、Aspergillus属の中でもA. nigerグループやA. flavusグループなどでは、β-tubulin遺伝子よりも解像度が高く、種識別に有効です。形態観察やITS領域解析で種群を絞り込んでからの追加試験として有効です。

EF-1α

elongation factor 1-alpha

別名、TEF-1 α(transcribed elongation factor - 1alpha)。Fusarium 属やTrichoderma 属の種同定に有効な遺伝子です。形態観察やITS領域解析で帰属する種群を絞り込んだ後の、追加試験として有効です。

特殊な系統樹の作成には、追加費用が必要なことがあります。詳しくはお問い合わせください。

その他、機能遺伝子解析、マルチローカス遺伝子解析をご希望される場合は、お問い合わせください。

価格・納期

オプション

分析項目

説明

分析項目(税抜)

目安納期

カビ 簡易形態観察

「培養確認」を選択いただいた場合に実施可能です。

コロニー形態、細胞形態を顕微鏡で確認し、帰属・近縁種を推定するうえで重要となる特徴的な形態を観察、撮影します。

13,000円

19営業日

分子系統解析

ご依頼の株の帰属・近縁種の学術論文などや最新の国際塩基配列データベースを参照し、帰属・近縁種の推定に必要な標準株や標本などのDNA塩基配列データを取得します。アライメントは、マルチコピーやギャップなどを考慮して手作業により編集し、分子系統樹を作成します。学術論文などへの投稿を前提とした解析です。

39,000円~

14営業日

特殊な系統樹の作成には、追加費用が必要なことがあります。詳しくはお問い合わせください。

ご依頼前の同意事項

常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。

詳細報告、簡易報告の特急解析は、当社注文書受領翌日を起算日とし、「5 営業日に中間報告」「価格は2 割増」「同時依頼は8 株まで」の条件を基本としています。特急解析は、18S rDNA、β-tubulin、calmodulin 、EF-1α 遺伝子には適用していません。

・多検体をご依頼いただく場合の分析の目安日数は、記載の目安納期を延長することがあります。別途お問い合わせください。

・特急解析の場合の中間報告は、DNA 塩基配列を用いた相同性検索の結果をE-メール、またはFAX で報告します。

・DNA 塩基配列データおよびシークエンス波形データは、報告時にお届けします。

・ 18S rDNA、β-tubulin、calmodulin、EF-1α遺伝子のシークエンスは、培養検体によるご依頼に限ります。抽出DNA およびPCR 産物でのご依頼は、お受けいたしません。

・18S rDNA は、1,800 bp 以上のDNA 塩基配列を持つ菌株は、PCR 増幅確認後に追加費用に関するご連絡をします。

・18S rDNA、β-tubulin、calmodulin、EF-1α遺伝子の場合には、分類群により使用するプライマーや対象領域の長さが異なりますので、プライマーの購入・合成費として、別途追加費用が必要となることがあります。

・「DNA抽出、精製」、「PCR増幅」、「シークエンス(両鎖)」にてそれぞれ良好な結果が得られず、DNA塩基配列が決定できない場合は、条件を1回のみ変更して再解析します。再解析でもシークエンスが得られない場合は、作業内容と結果をご報告のうえ、それまでに行った作業の費用全額をご請求します。特殊なプロトコールが必要とされる検体は、事前にお問い合わせください。

・PCR産物や抽出DNAでご依頼の場合、複数株由来のDNA混在や多コピーなどの原因により、全長もしくは部分DNA塩基配列が決定できない場合は、作業内容と結果をご報告のうえ、それまでに行った作業の費用全額をご請求します。

「培養確認不要」をご選択のうえで分析し、別生物種の混在(コンタミネーション)によりDNA塩基配列が決定できない場合は、作業内容と結果をご報告のうえ、それまでに行った作業の費用全額をご請求します純粋性に不安がある場合には、培養確認(無料)をお勧めします。

・複数の帰属種の推定候補がある場合や新規分類群に該当する可能性がある場合などで、帰属・近縁種の推定が困難なことがあります。

当社標準プロトコールに基づき、ダイレクトシークエンスにより決定します。

・試験・分析の結果、国立感染症研究所の「病原体等安全管理規定(第三版)」および日本国独自リストのバイオセーフティーレベル(BSL)3以上の可能性が高いと判断された場合には、ご連絡の上、当社にて検体を処分させて頂きます。

複数検体を一度にご依頼の場合は、

検体リスト(エクセルファイル)をダウンロードして御利用下さい。

株式会社テクノスルガ・ラボ

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