「微生物試験と理化学分析」両者の経験と技術により、衛生管理から学術研究まで幅広く、トータルサポート致します。

お気軽にお問い合わせ下さい。

054-349-6211

tsl-contact@tecsrg.co.jp

Web カタログ

カビDNA塩基配列・分子系統解析(ITS-5.8S,28S rDNA-D1/D2領域)

カビの同定には、ITS-5.8S rDNA 領域および28S rDNA-D1/D2 領域を使った解析が主流となっています。ただし、分類群ごとに一方の遺伝子を重要視するなどによるデータ登録数の充実の程度が大きく異なり、分類群に適した領域を選択する必要があります。

 

当社では、DNA 塩基配列決定後、国際塩基配列データベ

ース(DDBJ/ENA(EMBL)/GenBank)に対して得られたDNA塩基配列の相同性検索を実施します。さらに、ITS-5.8SrDNA 領域および28S rDNA-D1/D2 領域を解析対象遺伝子で、簡易報告および詳細報告形式の場合には、当社が微生物の同定用に開発した微生物同定システム「ENKI」で解析します。

 

検索内容

シークエンス(BLAST検索付)まで

  • DNA塩基配列
  • 国際塩基配列データベース照合の結果の上位30位

簡易報告形式

  • 「シークエンス(BLAST検索付)まで」の内容

 +当社開発微生物同定用データベースとの照合結果の

  上位30位

 +系統樹

 +同定結果

詳細報告形式

  • 「簡易報告形式」の内容

 +結論に至るまでの説明・考察文

本システム搭載の「微生物同定用データベース」は、微生物の同定に重要である基標準株や標本などに由来する

DNA 塩基配列データで構成されていますので、高い精度で確実な帰属・近縁種の同定が可能です。

幅広い菌類の高次分類群の同定に最適な18S rDNA の解析や必要に応じて他の機能遺伝子のDNA 塩基配列に基づ

く分子系統解析や、複数の異なる遺伝子を組み合わせたマルチローカス遺伝子解析も行います。

 

また「純粋性に不安がある」「DNA 抽出がうまくいかない」など、あらゆご要望に対応するとともに、様々な目的や分類レベルなどに応じた試験内容を提案いたします。

 

分析内容

分析項目

説明

カビITS‐5.8S

ITS1+5.8S rDNA+ITS2

カビでは、ITS領域のデータベース化が進んでおり、帰属・近縁種の推定に有効です。種レベルの同定に有効な分類群が多数あります。

日本薬局方の「遺伝子解析による微生物の迅速同定法」に準用します。

カビD1/D2

28S rDNAのD1/D2領域

カビの幅広い分類群に対応が可能ですので、帰属・近縁種のおおまかな推定に有効です。

カビ18S

18S rDNAのほぼ全長

一般的に目~科レベルで分類群を推定することに有効とされます。特に有性・無性の生殖器官を形成せず、菌糸しか観察されないような分類群に対しては、まず最初に高次分類群の推定をする解析として適しています。

β-tubulin

(ベータチューブリン)

Penicillium 属(およびAspergillus 属)の種同定に有効であり、形態観察やITS領域解析で種群を絞り込んでからの追加試験として有効です。

Calmodulin

(カルモジュリン)

Aspergillus 属(およびPenicillium 属群の一部)の種同定に有効な遺伝子です。特に、Aspergillus属の中でもA. nigerグループやA. flavusグループなどでは、β-tubulin遺伝子よりも解像度が高く、種識別に有効です。形態観察やITS領域解析で種群を絞り込んでからの追加試験として有効です。

EF-1α

elongation factor 1-alpha

別名、TEF-1 α(transcribed elongation factor - 1alpha)。Fusarium 属やTrichoderma 属の種同定に有効な遺伝子です。形態観察やITS領域解析で帰属する種群を絞り込んだ後の、追加試験として有効です。

特殊な系統樹の作成には、追加費用が必要なことがあります。詳しくはお問い合わせください。

その他、機能遺伝子解析、マルチローカス遺伝子解析をご希望される場合は、お問い合わせください。

価格・納期

オプション

分析項目

説明

分析項目(税抜)

目安納期

カビ 簡易形態観察

「培養確認」を選択いただいた場合に実施可能です。

コロニー形態、細胞形態を顕微鏡で確認し、帰属・近縁種を推定するうえで重要となる特徴的な形態を観察、撮影します。

14,000円

19営業日

分子系統解析

ご依頼の株の帰属・近縁種の学術論文などや最新の国際塩基配列データベースを参照し、帰属・近縁種の推定に必要な標準株や標本などのDNA塩基配列データを取得します。アライメントは、マルチコピーやギャップなどを考慮して手作業により編集し、分子系統樹を作成します。学術論文などへの投稿を前提とした解析です。

39,000円~

15営業日~

特殊な系統樹の作成には、追加費用が必要なことがあります。詳しくはお問い合わせください。

ご依頼前の同意事項

・印刷物による納品も選択して頂けます。北海道、沖縄県、九州地方などでは輸送により納品日が変動いたします。

常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。

詳細報告、簡易報告の特急解析は、当社注文書受領翌日を起算日とし、「5 営業日に中間報告」「価格は2 割増」、「同時依頼は8 株まで」の条件を基本としています。特急解析は、18S rDNA、β-tubulin、calmodulin 、EF-1α 遺伝子には適用していません。

ご指定の株間での配列比較(2株間比較1,000 円(税別)/式、3 株間比較2,000 円(税別)/式)も対応いたします。

・特急解析の場合の中間報告は、DNA 塩基配列を用いた相同性検索の結果をE-メール、またはFAX で報告します。

・多検体での依頼の場合の分析の目安日数は、記載の目安納期を延長することがあります。別途お問い合わせ下さい。

・DNA 塩基配列データおよびシークエンス波形データは、報告時にお届けします。

・ DNA 抽出物でのご依頼は、PCR 増幅を確認している検体に限らせて頂きます。

・PCR 産物でのご依頼は、原則としてお断りいたします。

・18S rDNA、β-tubulin、calmodulin、EF-1α遺伝子のシークエンスは、培養検体による依頼に限ります。抽出DNA およびPCR 産物での依頼 はお受けいたしません。

・18S rDNA は、1,800 bp 以上のDNA 塩基配列を持つ菌株は、PCR 増幅確認後に追加費用に関する連絡をします。

・18S rDNA、β-tubulin、calmodulin、EF-1α遺伝子の場合には、分類群により使用するプライマーや対象領域の長さが異なりますので、プライマーの購入・合成費として、別途追加費用が必要となることがあります。

・「DNA 抽出、精製」、「PCR 増幅」、「シークエンス(両鎖)」にてそれぞれ良好な結果が得られず、DNA 塩基配列が決定できない場合は、条件を1回のみ変更して再解析します。再解析でもシークエンスが得られない場合は、作業内容と結果を報告のうえ、それまでに行った作業の費用全額を請求いたします。特殊なプロトコールが必要とされる検体は、事前にお問い合わせ下さい。

「培養確認不要」を選択のうえで分析し、別生物種の混在(コンタミネーション)によりDNA 塩基配列が決定できない場合は、作業内容と結果を報告のうえ、それまでに行った作業の費用全額を請求いたします純粋性に不安がある場合には、培養確認(無料)をお勧めします。

・複数の帰属種の同定候補がある場合や新規分類群に該当する可能性がある場合などで、帰属・近縁種の同定が困難なことがあります。

当社標準プロトコールに基づき、ダイレクトシークエンスにより決定します。

・試験・分析の結果、国立感染症研究所の「病原体等安全管理規定(第三版)」および日本国独自リストのバイオセーフティレベル(BSL)3 以上の可能性が高いと判断された場合には連絡のうえ、当社にて検体を処分させて頂きます。

複数検体を一度にご依頼の場合は、

検体リスト(エクセルファイル)をダウンロードして御利用下さい。

株式会社テクノスルガ・ラボ

TEL:  054-349-6211

Email:  tsl-contact@tecsrg.co.jp

住所:  〒424-0065 静岡県静岡市清水区長崎330

個人情報保護方針

テクノスルガ・ラボ サービス基本約款

サイトポリシー