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細菌DNA塩基配列・分子系統解析(16S rDNA)

16S rDNA塩基配列に基づく分子系統解析

 

微生物同定用に開発したDNAデータベース&系統解析システム「TSL-MIS(テクノスルガ・ラボ微生物同定システム)」を使用し、信頼性の高い同定結果をご報告します。

細菌の同定に一般的に用いられている16S rDNA では、上流側の約500 bp 程度の部分DNA 配列解析で近縁種の同定がほぼ可能ですが、全長配列(Full)を解析する方がより同定の精度が高くなり、帰属・近縁種の同定に優れます。例えば、細菌を特許寄託する場合や新種提唱する場合、1,300 bp 以上のDNA 塩基配列を解析することが要求されます。

 

当社では、DNA 塩基配列決定後、得られたDNA 塩基配列を国際塩基配列データベース(DDBJ/EN(EMBL)/GenBank)に対して相同性検索を実施します。

 

さらに、簡易および詳細報告形式では、当社が微生物の同定用に開発した微生物同定システ「ENKI」で解析します。

検索内容

シークエンス(BLAST検索付)まで

  • DNA塩基配列
  • 国際塩基配列データベース照合の結果の上位30位

簡易報告形式

  • 「シークエンス(BLAST検索付)まで」の内容

 +当社開発微生物同定用データベースとの照合結果の

  上位30位

 +系統樹

 +同定結果

詳細報告形式

  • 「簡易報告形式」の内容

 +結論に至るまでの説明・考察文

本システム搭載の「微生物同定用データベース」は、微生物の同定に重要である基準株あるいは論文に記載されている菌株のDNA 塩基配列データなどで構成されていますので、高い精度で確実な

帰属・近縁種の同定が可能です。

 

論文投稿などを目的とされるお客様で、近隣結合法 (NJ;Neighboor Joining) のように距離行列 (Distance matrix) による手法以外(最節約法 (MP;Maximum Parsimony) や最尤法(ML;Maximum Likelihood)など) による分子系統解析を希望のお客様は相談して下さい。

解析する領域

解析領域

説明

 

16S rDNA-500

16SrDNAの上流約500bp

 

細菌・放線菌の簡易的な種レベルの同定に有効です。

日本薬局方の「遺伝子解析による微生物の迅速同定法」に準用します。

 

16S rDNA‐Full

16S rDNAのほぼ全長

一部の分類群では、16S‐500よりも高い解像度が得られます。

分子系統解析を組合せることで、より明確な系統関係を示すことが可能です。

学会発表、特許取得などの研究目的の方にお勧めします。

日本薬局方の「遺伝子解析による微生物の迅速同定法」に準用します。

価格・納期

オプション

  • 特殊な系統樹の作成には、追加費用が必要なことがあります。詳しくはお問い合わせください。

ご依頼前の同意事項

・「DNA 抽出、精製」、「PCR 増幅」、「シークエンス(両鎖)」にてそれぞれ良好な結果が得られず、DNA 塩基配列が決定できない場合は、条件を1回のみ変更して再解析します。再解析でもシークエンスが得られない場合は、作業内容と結果を報告のうえ、それまでに行った作業の費用全額を請求いたします。特殊なプロトコールが必要とされる検体は、事前にお問い合わせ下さい。

・「培養確認不要」を選択のうえで分析し、別生物種の混在(コンタミネーション)によりDNA 塩基配列が決定できない場合は、作業内容と結果を報告のうえ、それまでに行った作業の費用全額を請求いたします。純粋性に不安がある場合には、培養確認(無料)をお勧めします。

・複数の帰属種の同定候補がある場合や新規分類群に該当する可能性がある場合などで、帰属・近縁種の同定が困難なことがあります。

・当社標準プロトコールに基づき、ダイレクトシークエンスにより決定します。

・試験・分析の結果、国立感染症研究所の「病原体等安全管理規定(第三版)」および日本国独自リストのバイオセーフティレベル(BSL)3 以上の可能性が高いと判断された場合には連絡のうえ、当社にて検体を処分させて頂きます。

16S rDNA の詳細報告、簡易報告の特急解析は、当社注文書受領翌日を起算日とし、「5 営業日に中間報告」「価格は2 割増」「同時依頼は8株まで」の条件を基本としています。

常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などを指定の場合、追加費用が必要となります。

ご指定の株間での配列比較 (2 株間比較1,000 円(税別)/式、3株間比較2,000円(税別)/式)も対応いたします。

・特急解析の場合の速報は、DNA塩基配列を用いた相同性検索の結果をE-メール、またはFAXで報告します。

・DNA 塩基配列データおよびシークエンス波形データは、報告時にお届けします。

・DNA 抽出物でのご依頼は、PCR 増幅を確認している検体に限らせて頂きます。

・PCR 産物でのご依頼は、原則としてお断りいたします。

複数検体を一度にご依頼の場合は、

検体リスト(エクセルファイル)をダウンロードして御利用下さい。

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