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DGGEバンド塩基配列解析(RT-DGGE解析)/細菌・アーキア(古細菌)・菌類

PCR-DGGE解析、およびRT-PCR-DGGE解析終了後、DGGEゲルから切り出したDGGEバンドを数回DGGEを行い、目的の位置に単一なバンドとして確認後、DNA塩基配列を決定し、DGGEバンドに由来する微生物の帰属分類群を推定します。

解析するDGGEバンドを選択してして頂きます。

 

  •          技術情報 DGGEバンドの精製の重要性

     

     

    DGGE バンドの精製とは、 「DGGE 解析やRT‐DGGE 解析で得られた目的のDGGE バンドを切り出し、PCR 増幅し、再度 DGGE で目的の位置に単一であることを確認する。」という作業です。 DGGE バンドに含まれるDNA を単一化(純化)すると同時に、切り出したDGGE バンドが、目的とする位置のDGGE バンドであることを確認するための重要な作業となります。

     

    例えば、目的のDGGE バンドの精製が不十分な状態で、DNA 塩基配列解析を行った場合、

    ①複数の微生物に由来するDNA 塩基配列が混ざり、目的のDNA 塩基配列が決定できない。

    ②DNA 塩基配列が得られたが、同じレーンの異なる位置の最優占種のDGGE バンドと同じであるというケースがあります。

     

    特に②のケースのように、目的のDGGE バンドではないDNA 塩基配列が得られる誤りを防ぐためには、DGGE バンドの精製時における再DGGE によるDGGE バンド位置確認が必須となります。当社では個々のDGGE バンドの精製の際には、必ず目的の位置にDGGE バンドが単一にあることを確認しています。

    レーン1: DGGE解析結果

    レーン2: 切り出しバンドの精製(純化)/ 1回目

    レーン3: 切り出しバンドの精製(純化)/ 2回目

    レーン4: 切り出しバンドの精製(純化)/ 3回目

    レーンM: DGGEマーカー

              : 解析対象バンド

     

    DGGE解析のご依頼からDGGEバンド塩基配列解析開始までのフロー

    DGGE解析のご依頼

    → DGGE解析

     → バンドの切り出し

    → DGGE解析報告

    →バンド塩基配列解析

    → DGGEバンドの精製

    → バンドの単一化

    → 塩基配列解析

     

説明

解析内容・報告形式

BLAST検索付

配列データ

国際塩基配列データベースに対する照合結果の上位15位を報告します。

シークエンサーから出力された生データはab1ファイルにて、決定したDNA塩基配列データは、報告時にお届けします。

簡易分子系統解析

国際塩基配列データベースに加え、当社が微生物の同定用に開発した「テクノスルガ・ラボ微生物同定システム」による近縁種の絞り込み・系統解析を行い、分類階級の絞り込み、考察をします。

解析内容

項 目 内 容 配列データ BLAST
検索付
簡易分子
系統解析付
DNAバンド精製 PCR-DGGE解析、およびRT-PCR-DGGE解析にて得られたDGGEゲルより
切り出したDGGEバンドをテンプレートとして、PCR増幅を行い、
数回DGGEを行うことによって、
DGGEバンドに含まれるDNAの精製をします。
シークエンス DNAシークエンサーでDNA塩基配列データを取得します。
DNA塩基配列決定 経験豊富な技術者が、波形データを目視確認します。
これにより、自動解析では決定できない塩基を修正し、
DNA塩基配列を決定します。
相同性検索 決定したDNA塩基配列を用いて、
国際塩基配列データベースによる相同性検索をします。
×
簡易分子系統解析
(考察なし)
「テクノスルガ・ラボ微生物同定システム」により、
帰属・近縁種を推定するための簡易系統樹を作成します。
「考察なし」と「考察あり」で、同定精度は同じですが、「考察あり」では、
結論に至るまでの説明・考察文をつけてご報告します。
× ×
簡易分子系統解析
(考察あり)
  •  DGGEバンドの精製については、「DGGEバンドの精製の重要性」をご参照ください。
  •  DGGEバンドの精製を4回行っても純化できない場合には、解析は中止とし、純化作業費までを請求いたします。

価格・納期

※1 決定した塩基配列を国際塩基配列データベース(DDBJ/ENA(EMBL)/GenBank)と照合します。

※2 DGGEバンド解析の際には、当社開発製品であるDGGEバンド塩基配列解析キットを使用し、プライマー配列を除くDNA塩基配列を決定します。片鎖、両鎖で、解析配列長に違いはありません。

※3 国際塩基配列データベース(DDBJ/ENA(EMBL)/GenBank)と照合の他、帰属種の分子系統群の何れに位置するか確認したい場合にお勧めします。当社が微生物の同定用に開発した「テクノスルガ・ラボ微生物同定システム」による近縁種の絞り込み・系統解析を行い、分類階級の絞り込みます。「考察なし」と「考察あり」で、同定精度は同じですが、「考察あり」では、結論に至るまでの説明・考察文をつけてご報告します。

ご依頼前の同意事項

  • 印刷物による納品も選択して頂けます。北海道、沖縄県、九州地方などでは輸送により納品日が変動いたします。
  • DGGEバンドのDNA塩基配列解析の結果、DNA塩基配列が得られなかった場合は、作業内容と結果をご報告のうえ、それまでに行った作業の費用全額をご請求します。

複数検体を一度にご依頼の場合は、

検体リスト(エクセルファイル)をダウンロードして御利用下さい。

株式会社テクノスルガ・ラボ

TEL:  054-349-6211

Email:  tsl-contact@tecsrg.co.jp

住所:  〒424-0065 静岡県静岡市清水区長崎330

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