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クローニング解析

汚泥や土壌などの多様な生物種が混在する検体より、直接抽出した混合DNAをPCR増幅し、大腸菌にクローニングすることで、様々な帰属種由来のDNA塩基配列が挿入されたいくつものクローンが得られます(クローンライブラリー)。これら各クローンのDNA塩基配列解析を行い、近縁種を推定する手法です。

 

クローニング解析は、主に培養できない環境中の微生物の検出方法として、群集構造解析に用いられています。DGGE解析に比べ、長い塩基配列長を対象とすることができます。反対に、環境中に優占する帰属種の把握のためには、ある程度のクローン数を解析する必要があります。DGGE解析と併せて用いることで、群集構造解析の精度をより高めることができると考えられます。

 

解析は、配列取得まで、BLAST相同性検索付、「テクノスルガ・ラボ微生物同定システム」による簡易分子系統解析付(考察あり、または考察なし)よりご選択いただけます。解析内容の詳細は、DGGEバンド塩基配列解析の項の「解析内容」をご参照ください。。また、多検体の解析、あるいは多クローンの解析をご希望の方は、次世代シークエンス解析の方が、費用を抑えて解析することができますので、次世代シークエンスの項も併せてご覧ください。

説明

解析内容・報告形式

対 象

対象カテゴリー 遺伝子領域
細菌 16S rDNA

アーキア

(古細菌)

16S rDNA
菌類 28S rDNA、ITS領域

特定分類群、

機能遺伝子その他

硫酸還元菌、Lactobacillus属などの特定分類群、機能遺伝子を用いた
18S rDNAを希望される場合、別途お問い合わせください。

注:毒素産生、タンパク質産生に関わる遺伝子のクローニングは許可が必要となるので、受託いたしません。

解析内容

クローニング解析

  1. DNA抽出、精製
  2. PCR増幅
  3. クローニング
  4. インサートチェック
  5. シークエンス
  6. DNA塩基配列決定
  7. 相同性検索(+簡易分子系統解析)
  8. 結果のまとめ

検体区分・必要検体量・送付方法

価格・納期

クローンライブラリー

ご依頼前の同意事項

・DNA抽出するために特別な前処理が必要な場合には、別途、前処理費用をご負担いただきます。

・生体由来検体の返送をご希望のお客様には、定温マルチBOXによる臨床検体輸送サービス(36,000円~)を使用してお送りします。

疾患患者などの臨床検体は、解析をいたしかねることがあります。

・特殊な検体(油分含有土壌)などは、PCR 増幅反応を著しく阻害する物質が含まれることがあり、これらの影響を受けないような特殊な前処理や繰り返してもPCR 増幅が認められない場合には、作業内容を報告の上、作業費用全額をご請求いたします。

・抗菌剤・化学物質などを投与されている場合には、検体中の菌数が少なくPCRできない場合があります。この場合には、それまでに行った作業内容をご報告のうえ、作業の費用全額をご請求します。

・ご送付検体の処分が困難な(危険・有害物質の含有等)場合や余剰量が多くある場合、「当社で処分」をご選択された際にも、当社判断により返送させていただくこともあります。

複数検体を一度にご依頼の場合は、

検体リスト(エクセルファイル)をダウンロードして御利用下さい。

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