[:ja]群集-NGS アーカイブ – 株式会社テクノスルガ・ラボ [:]

PCR－DGGE（ゲル電気泳動）

説明複数の生物種が混在する検体から混合核酸を抽出後、片側のプライマーにGC クランプを付加したプライマーセットでPCR増幅します。増幅された二本鎖DNA が分子量の違いだけではなく、変性剤濃度勾配ゲルで電気泳動した際、

説明リアルタイムPCR 法は、検体中に含まれる特定分類群の遺伝子を、リアルタイムPCR 装置により指数関数的に増幅するDNA の量をリアルタイムでモニタリングし、検体中に含まれる目的対象とする微生物の鋳型DNA の量（

説明環境検体中に含まれる特定分類群や特定機能遺伝子をターゲットにしたプライマーセットを用いて、PCR 増幅、電気泳動により、目的塩基長のバンドが出現することを確認する定性的な方法です。解析内容内容 1. DNA 抽

説明次世代シーケンス・アンプリコン解析結果について、データのばらつき具合を可視化したい場合には、箱ひげ図の作成をおすすめします。次世代シーケンス・アンプリコンデータ解析／QIIME で出力されたOTU テーブルやαレア

説明次世代シーケンス・アンプリコン解析結果について、検体間の菌叢の類似性および各分類群の存在割合を視覚的に表す際には、ヒートマップ・クラスター解析をおすすめいたします。次世代シーケンス・アンプリコンデータ解析／QII

説明検体間の微生物相の関係性と範囲を視覚的に図式するベン図を作成します。抗生物質の投与や被験者の性別など、ある条件下の微生物相の違いをベン図に表すことで、共通または特異的な微生物相を検出することができます。 Metag

説明次世代シーケンス・アンプリコン解析より得られたデータ（各配列）を用いて、微生物相解析のために開発されたパッケージソフトウェアQIIME（http://qiime.org/）で解析します。QIIME はOTU の取得

説明次世代シーケンス・アンプリコン解析より得られたデータ（各配列）の帰属分類群を推定するためには、当社「微生物同定データベース」※1、またはRDP（Ribosomal Database Project）などのデータベ

説明糞便、唾液、汚泥や土壌などの多様な生物種が混在する検体中の生物群集を解析する優れた方法のひとつです。生物種が混在する検体から直接抽出した混合DNA について、検体を識別するためのバーコード配列を付加したプライマーに