T-RFLP法の原理とテクノスルガ・ラボのフローラ解析(Nagashima法)の特長

○ T-RFLP法の原理

T-RFLP(Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism) 解析とは、末端蛍光標識したプライマーセットで鋳型DNAをPCR増幅し、制限酵素による消化後、フラグメント解析を行います。
フラグメント解析は、塩基配列の違いにより制限酵素切断部位が異なることを利用し、検出ピークの強度、位置、数により評価・比較する断片多型性解析です。


○ Nagashima法の特長

従来のT-RFLP解析では得られるパターンが複雑であり、データの解釈が困難でした。

Nagashima法ではほぼ同じサイズのフラグメント長のものを"OTU(Operational Taxonomic Unit)"とし、これが腸内細菌の各系統分類群(およそ属から目レベル程度)毎におおまかな相対比を表すことができるため、手軽に腸内細菌叢を推定し、その変化を視覚化・数値化することが可能です。


腸内の細菌叢の解析は、これまで各菌種の選択培地と嫌気培養により菌数測定する方法が主流でしたが、近年はより簡便かつ再現性の高い16S rRNA遺伝子を増幅するPCR法を利用した解析手法が導入されています。

   

簡便かつ高い再現性、分析操作における人為的な誤差を受けにくい。
・非培養分析のため、培養の難易に依存しない。
・凍結保存、または、
弊社採便キットで採取、室温保存した糞便サンプルでも解析可能
・分析”1run"のみで全体の菌叢を解析可能
・属~目レベルで細菌の相対比を解析可能