MALDI微生物同定試験(V+S)

説明

MALDI-TOF MSを用いた微生物の同定方法です。

DNA塩基配列解析を用いた手法に比べ、コスト面と迅速性に優れています。MALDI-TOF MS (VITEK® MS plus, bioMérieux, SA, Lyon, France) を用いて微生物菌体由来の総タンパク質のマススペクトルを取得します。得られたピークの多くは、リボソームタンパク質に由来します。

第17改正日本薬局方参考情報として、MALDI-TOF MS法が掲載されています。

試験内容

菌体タンパク質のマススペクトルをデータベースと照合し、パターンマッチングすることによって、近縁種の推定を行います。
当社では、2種類のデータベース(解析データベース参照)との照合の結果から、同定結果を導きます。各データベースは、DNA塩基配列のデータベースに比べ登録種数は少ないものの、衛生管理上で問題となる主要な食中毒菌や病原菌などを含みます。データベースとの照合の結果、一致(類似)するスペクトルパターンが存在しない場合には同定結果を得ることができませんが、衛生管理上で問題となるこれらの菌種であるかどうかの迅速判断に適していると言えます。
また、多検体のグルーピングやスクリーニング、過去にMALDI微生物同定試験(V+S)を依頼していただいた検体との比較・照合は、得られたマススペクトルをデータベース化し、マススペクトルを用いた「MALDIクラスター解析」を行うことにより可能です。DNA塩基配列を用いたグルーピングに比べ、MALDI-TOF MSを用いたグルーピングは、試験コスト同様にコスト面および迅速性に優れています。

使用データベース

【VITEK® MS Knowledge Base】 V3.1[登録菌種数 約1,100種]

登録菌種数に対し、約30,000スペクトル(一般細菌: 27,000/酵母&カビ: 3,000)を収録し、1菌種あたりの登録スペクトルは、10株以上から取得したマススペクトルで構成されます。菌種に特有のピーク群を明確化することにより、種内における菌株間や培養条件によって認められるスペクトルの違いを許容でき、高い精度での同定結果が期待できます。臨床現場で検出される菌種の94.8%をカバーし、さらに食品の品質劣化や、安全性で問題となる各種微生物を搭載しています。

【SARAMIS® Knowledge Base】 4.14[登録菌種数 約1,500種]

SuperSpectraおよびReferenceSpectraの2つのデータで構成されます。SuperSpectraは、複数の菌株、測定条件で得られた各微生物種のマススペクトルから安定して検出されるマーカーとなる(各菌種に特徴的な)ピーク群を抽出し、構築されています。分類レベルごとに、マーカーとなるピークの重みづけがなされていることから、より精度の高い同定結果が期待できます。

<オプション>

MALDIクラスター解析(細菌・酵母)

お客様専用のMALDIユーザーデータベースの作成のうえ、解析したデータを登録することによりクラスター解析が可能となります。過去の分離株との比較ができ、分離場所や分離源、微生物の発生時期などの情報と照合できるようになります。Vitek MSでは、マススペクトルの相同率が、65%以上を示す菌株は、同種の可能性が高いとされています。
同定できなかった検体はDNA塩基配列解析で同定をすることで、同じクラスターを形成する株が同種かを推定することも可能です。

報告内容

・ 2つのデータベースとの照合結果から推察される候補菌種(同定結果)と信頼値(%)
・ 候補菌種のバイオセーフティーレベル(BSL)

価格・納期

項目 株数 単位 単価 納期
MALDI微生物同定試験(細菌 V+S)
MALDI微生物同定試験(酵母 V+S)※1
1~3 8,000円 検体受付: 正午まで 
受付数量:1依頼あたり計8株まで
報告形式: PDF報告書のオンライン納品
納 期: 即日18:00まで(火~金曜日の午前検体着)
(月曜日や休日翌営業日着の検体は翌日報告)
4~8 7,000円 

<オプション>

MALDIクラスター解析(細菌・酵母)

項目 株数 単位 単価 納期

MALDIクラスター解析
(細菌・酵母)※1,2

1 1,000円

指定の検体のマススペクトルをお客様専用の既存のMALDIユーザーデータベースに追加登録のうえ、クラスター解析を行います。

納 期: 1営業日~
ユーザーデータベースへの登録手数料を含みます。

ご依頼前同意事項

ご依頼前の同意事項、ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・ 見積書・注文書の取り交わしを省略し、依頼書および検体の到着をもって注文とし、試験を開始します。
純粋培養された検体に限り直接試験を実施します。(混釈培養物、液体培養物は即時解析できません。平板塗抹による純粋培養物をご用意下さい。)
・ コンタミネーションにより単離や、当社での再培養を行う必要がある検体は、別途有償での作業が必要となります。
・ 検体受付の前日の直近営業日 午後5時までに依頼書の到着がない場合、所定の日数での報告ができないことがあります。
・ データベースの菌種の総タンパク質マススペクトルとのパターンマッチングによる解析のため、登録されている菌種と異なる菌種であっても、類似のマススペクトルを示した場合にはその菌種が被検体の同定結果として得られることがあります。また、登録されている菌種であっても、被検体のタンパク質組成によっては、同定結果が得られない、または異なる菌種名として同定結果が得られることがあります。
・ スラント、保存アンプル作製などの培養を含む追加試験を行う場合、別途、菌株の再送をお願いすることがあります。
・ 酵母では、テレオモルフ(有性時代)とアナモルフ(無性時代)の判別はできません。
・ 非常に近縁な菌種または亜種の関係にある検体は、本解析により区別できないことがあります。
・ 酵素基質培地などの特定の菌群の分離を目的とした選択培地や色素を含む培地は良好な結果が得られないことがあります。推奨培地で再培養した純粋培養物をご用意下さい。
・ VITEK® MSのデータベースは、当リファレンスに記載の培地で培養した株のデータにより構築されています。
・ VITEK® MS, SARAMIS®は、bioMérieux®社およびその子会社の登録商標または商標です。
ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

分析のご依頼は、以下のファイルをダウンロード頂きお申し込み下さい。