PFGE（パルスフィールドゲル電気泳動）解析は、ゲノムDNAを任意の制限酵素にて消化し、断片化されたDNA分子を電気泳動してバンドパターンを比較する方法です。断片化されたDNA分子は数百kb程度と大きいため、パルス電場にて電気泳動を行います。DNAバンドパターンが一致するか否かによって、菌株の異同を推定する解析です。高い再現性と識別能を持ちますが、帰属種や菌株により適する制限酵素や電気泳動条件などが異なるため、事前に文献調査などが必要です。
製品や原材料、製造水、製造ライン、包装容器などの異なる分離源、または異なる時期に分離された菌株のうち、同じ菌種に帰属する複数の菌株について、株レベルの同一性確認を行います。
酵母（Saccahromyces cerevisiae）の株識別も可能です。酵母では制限酵素は使用せず、染色体DNAのバンドパターン（核型）により株の異同を推定します。