T-RFLPフローラ解析

説明

T-RFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism) 解析は、末端蛍光標識したプライマーセットで鋳型DNA をPCR 増幅し、制限酵素による消化後、フラグメント解析する方法です。
DNA 塩基配列の違いから制限酵素切断部位が異なることを利用し、検出ピークの強度、位置、数により評価・比較する断片多型性解析です。
使用するプライマーや制限酵素の種類によって、該当するDNA 断片の由来となる分類群は異なりますので、特定の分類群と照合する場合、前もってDNA 断片サイズの予測が必要です。

腸内フローラ解析

当社では腸内細菌叢(フローラ)を解析する方法として、公的機関などの支援を受けて独自に開発した『Ngagashima 法』※1,2を採用しています。特徴として、「解析“1 run”のみで全体の菌叢を解析可能(1 種類の制限酵素(BslⅠ)」、「簡便」、「培養の難易度に依存しない」、「目~属レベルで細菌の相対比を解析可能」、「凍結で保存した糞便サンプルでも解析可能」、「熟練したテクニックは不要」などが挙げられます。本法は、食物、薬品、ストレス、疾患などの様々な要因により変動する宿主の腸内フローラを簡易的に比較するために開発された解析方法です。

ヒト以外にブタ、ニワトリ、イヌは制限酵素:BslⅠ、ネコは制限酵素:TaqⅠで腸内に存在する細菌について、データベース化され、およそ属~目レベルで腸内細菌叢を推定し、その変化を視覚化・数値化することが可能です。

腸内以外の生体由来検体

制限酵素2 種類を用いた口腔内(唾液、舌苔、プラークなど)や皮膚、膣内フローラなどの解析が可能です。

※1 K. Nagashima et al., Application of New Primer-Enzyme Combinations to Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism Profiling of Bacterial Populations
in Human Feces, Applied and Environmental Microbiology, 2003, vol.69 (2) 1251-1262.
※2 K. Nagashima et al., Phylogenetic Analysis of 16S Ribosomal RNA Gene Sequences from Human Fecal Microbiota and Improved Utility of Terminal Restriction
Fragment Length Polymorphism Profiling, Bioscience and Microflora, 2006, vol.25 (3) 99-107.

『Nagashima 法』に関する詳細は、当社特設ホームページをご参照下さい。

解析内容・報告サンプル

項目 内容
T-RFLPフローラ解析 1.DNA抽出、精製
2.蛍光標識したプライマーでPCR増幅
3.制限酵素処理
4.フラグメント解析
5.結果のまとめ

必要検体量・送付方法、糞便検体の返送

検体区分と検体送付のご案内」をご参照下さい。

価格・納期

項目 検体数 単位 単価 目安納期
T-RFLPフローラ解析/Bsl
(『Nagashima法』の制限酵素使用)
1~8 検体 17,000円

16営業日
糞便理化学分析と同時依頼の場合は、お問い合わせ下さい

9~16 検体 14,000円
17~48 検体 13,000円 17営業日
49~ 検体 12,000円 お問い合わせ下さい。
追加費用 検体数 単位 単価 納期
便量測定 1 検体  1,000円 +2営業日
切り出し再PCR 1 検体  3,000円 +3営業日

オプション解析価格・納期

項目 検体数 単位 単価 目安納期
クラスター解析 1~29  検体 4,000円 お問い合わせ下さい。
30~ 検体 3,000円
主成分分析 1~29  検体 4,000円
30~ 検体 3,000円
群間の比較 1~29  検体 4,000円
30~ 検体 3,000円

 クラスター解析

フラグメントパターンを数値化し、類似度による集落(クラスター)を作成します。
・ 複数試験の解析データをまとめ、試験ごとに検体識別番号を色分けし、クラスター解析を実施します。
・ クラスタリング方法のご選択は可能です。(Ward 法、群平均法(UPGMA))。
主成分分析 多くの変数に重み(ウェイト)をつけて少数の合成変数を作る分析方法です。

クラスター解析

  主成分分析

多くの変数に重み(ウェイト)をつけて少数の合成変数を作る分析方法です。
・ 主成分分析(表示方法:二次元もしくは三次元)
主成分分析(二次元)

  群間比較
・ 2 群間の比較(マン・ホイットニーのU 検定、対応のあるt 検定からご選択下さい。)

 価格・納期

項目 検体数 単位 単価 目安納期
クラスター解析 1~29  検体 4,000円 お問い合わせ下さい。
30~ 検体 3,000円
主成分分析 1~29  検体 4,000円
30~ 検体 3,000円
群間の比較 1~29  検体 4,000円
30~ 検体 3,000円

依頼書の入手と同意事項の確認

ご依頼前の同意事項、ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

当社採便キット/採便容器を購入使用し、解析をご依頼していただいた場合には、1 検体あたり1,000 円を値引きします。
・ 計量および他分析項目を同時に行う場合には、必要量が変わりますのでお問い合わせ下さい。
・ 追加でリアルタイムPCR 解析を実施する場合、便量測定した上でDNA 抽出を行います。
・ 宿主の細胞由来の遺伝子が増幅された場合、切り出し再PCR を行います。
・ リアルタイムPCR 解析、または糞便理化学分析を同時あるいは追加で行う場合、当社保存液入りの採便容器は使用できません。
・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

分析のご依頼は、以下のファイルをダウンロード頂きお申し込み下さい。