リアルタイムPCR 解析(定量)

説明

リアルタイムPCR 法は、検体中に含まれる特定分類群の遺伝子を、リアルタイムPCR 装置により指数関数的に増幅するDNA の量をリアルタイムでモニタリングし、検体中に含まれる目的対象とする微生物の鋳型DNA の量(コピー数)を推定する技術です。
微量な検体からでも正確な推定が可能です。
全細菌(全アーキア)コピー数と比較することで、検体中の標的菌群の割合を推定することも可能です。

解析内容

内容
1. DNA 抽出、精製
2. 特異プライマーとリアルタイムPCR装置によるPCR増幅(インターカレーター法)
3. PCR 増幅産物のモニタリング
4. 結果のまとめ

解析可能な対象分類群および遺伝子(ターゲットプライマー)

  • 全菌数
  • アーキア
  • 腸内細菌
  • 口腔内細菌
  • 皮膚常在菌
  • 海水・環境水
  • バイオ浄化
  • 窒素循環(硝化/脱窒)
  • 微生物腐食
  • 食品
  • その他

全菌数

対象菌種(分類群)遺伝子備考
全真正細菌16S検体中に含まれる全真正細菌
全アーキア16S検体中に含まれる全アーキア
全菌類 ITSITS領域検体中に含まれる全菌類

アーキア

対象菌種(分類群)遺伝子備考
全アーキア16S検体中に含まれる全アーキア
メタン菌mcrAメタン生成菌が有するメタン酵素遺伝子 (mcrA)
Methanosaeta属16Sメタン発酵漕内の優占菌種であるMethanosaeta属
Methanosarcina属16Sメタン発酵漕内の優占菌種であるMethanosarcina属
Methanoculleus属16Sメタン発酵漕内の優占菌種であるMethanoculleus属

腸内細菌

対象菌種(分類群)遺伝子備考
Akkermansia muciniphila16S腸管内のムチン分解菌であるA. muciniphila
Bacteroidetes門16Sヒト・動物腸管内の優勢菌であるBacteroidetes門
Bacteroidales目16Sヒト・動物腸管内の優勢菌であるBacteroidales目 (Bacteroides/Prevotella/Porphyromonas属など)
Bacteroides属-ヒト・動物腸管内の優勢菌であるBacteroides属
Bacteroides Detection Kit (Cat. No. RI-0011) 使用
Bacteroides fragilis-ヒト・動物腸管内および口腔内B. fragilis
Bacteroides fragilis Detection Kit (Cat. No. RO-0003) 使用
Bifidobacterium属16Sヒト腸管内の優勢乳酸菌であるBifidobacterium属
Bifidobacterium longum16S食品中あるいは腸管内のB. longum
Bifidobacterium longum subsp. longumtuf食品中あるいは腸管内のB. longum subsp. longum
Bifidobacterium pseudocatenulatumgroEL腸管内のB. pseudocatenulatum
Bilophila wadsworthia-胆汁により発育が促進され,β-ラクタム薬に高度耐性をもつB. wadsworthia
Bilophila wadsworthia Detection Kit (Cat. No. RI-0009) 使用
Blautia属-ヒト腸管内の最優勢菌種であるBlautia属
Blautia Detection Kit (Cat. No. RI-0008) 使用
Candidate Division TM716S炎症性腸疾患との関わりが注目されているCandidate Division TM7
Clostridium cluster I & II16Sヒト・動物腸管内の優勢菌種であり狭義のClostridium属菌であるClostridium cluster I およびII
Clostridium cluster IV-ヒト・動物腸管内の優勢菌種であるClostridium cluster IV
Clostridium cluster XI16Sヒト・動物腸管内の優勢菌種であり狭義のClostridium属菌である
Clostridium cluster XI
Clostridium cluster XIV16Sヒト・動物腸管内の優勢菌種であるClostridium cluster XIV
Clostridium cluster XV-ヒト・動物腸管内のClostridium cluster XV
Clostridium cluster XV Detection Kit (Cat. No. RI-0002) 使用
Clostridium cluster XVI〜XVIII-ヒト・動物腸管内のClostridium cluster XVI、XVIIおよびXVIII
Clostridium cluster XVI・XVII・XVIII Detection Kit (Cat. No. RI-0006) 使用
Clostridium cluster XVIII-ヒト・動物腸管内のClostridium cluster XVIII
Clostridium cluster XVIII Detection Kit (Cat. No. RI-0003) 使用
Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)16S日和見感染菌であるC. perfringens (ウェルシュ菌)
Clostridium butyricum-酪酸を生成する偏性嫌気性芽胞形成グラム陽性桿菌
Clostridium butyricum Detection Kit (Cat. No. RI-0004) 使用
Clostridium difficile16S偽膜性腸炎、抗菌薬関連下痢症に関与するClostridium difficile
Clostridium leptum-ヒト・動物腸管内のC. leptum
Clostridium leptum Detection Kit (Cat. No. RI-0007) 使用
Clostridium hiranonisおよびC. scindensbaiCD7α-dehydroxylase活性を有するC. hiranonisおよびC. scindens
Clostridium hylemonaeおよびC. scindensbaiJ7α-dehydroxylase活性を有するC. hylemonaeおよびC. scindens
Coriobacteriaceae科16Sヒト腸内細菌の優勢菌であるCoriobacteriaceae科(Atopobium/Collinsella/Eggerthella属)
Enterobacteriaceae科16Sヒト・動物腸管内常在菌である腸内細菌科 (E.coli, Shigella etc.)
Enterococcus属16Sヒト・動物腸管内および環境中のEnterococcus属
Enterococcus faecalis-食品中あるいは環境中のE. faecalis
Enterococcus faecalis Detection Kit (Cat. No. RF-0003) 使用
Escherichia coli / Shigella16Sヒト・動物腸管内および環境中の大腸菌 (E.coliおよびShigella)
Faecalibacterium prausnitzii16Sヒト腸管内の優勢菌種であるF. prausnitziiおよびその近縁菌種
Firmicutes門16Sヒト・動物腸管内の優勢菌であるFirmicutes門
Fusobacterium属-臨床細菌学的に重要な、ヒト・動物腸管内および口腔内Fusobacterium属
Fusobacterium Detection Kit (Cat. No. RO-0005) 使用
Fusobacterium varium-ヒト・動物腸管内のF. varium
Fusobacterium varium Detection Kit (Cat. No. RI-0005) 使用
Fusobacterium nucleatum16S臨床細菌学的に重要なF. nucleatum
Helicobacter属16Sヒト胃腸間内の常在菌であるHelicobacter属
Klebsiella pneumoniae-ヒト・動物腸管内および口腔内 K. pneumoniae
Klebsiella pneumoniae Detection Kit (Cat. No. RI-0014) 使用
Lactobacillus属16Sヒト・動物腸管内のLactobacillus/Pediococcus/Weissella属
Lactobacillus gasseri-ヒト・動物腸管内のL. gasseri
Lactobacillus gasseri Detection Kit (Cat. No. RI-0010) 使用
Parabacteroides属-ヒト・動物腸管内の優勢菌であるParabacteroides属
Parabacteroides Detection Kit (Cat. No. RI-0013) 使用
Prevotella属-ヒト・動物腸管内および口腔内Prevotella属
Prevotella Detection Kit (Cat. No. RO-0004) 使用
Proteus属16Sヒト・動物腸管内および環境中のProteus属
Proteus mirabilisureA尿路感染症に関連するP. mirabilis
Pseudomonas属16Sヒト・動物腸管内および環境中のPseudomonas属
Pseudomonas aeruginosagyrBヒト・動物腸管内および環境中に存在し、緑膿菌感染症の原因となるP. aeruginosa
Roseburia/ Eubacteriuim rectele group16Sヒト・動物腸管内のRoseburia/ Eubacteriuim属
Salmonella属invAヒトや動物の消化管に生息し、一部がヒトや動物に感染して病原性を示すSalmonella属
Staphylococcus属16Sヒト・動物腸管内および環境中のStaphylococcus属
Staphylococcus aureus-臨床細菌学的に重要な、ヒト・動物腸管内および口腔内S. aureus
Staphylococcus aureus Detection Kit (Cat. No. RO-0009) 使用
Streptococcus属-ヒト・動物腸管内・口腔内のStreptococcus属
Streptococcus Detection Kit (Cat. No. RO-0001) 使用
Streptococcus bovis16Sルーメン細菌であるS. bovis (S. equinus)
Sutterella属- 胆汁耐性菌であり、Autism-associated bacteria として議論されているSutterella属
Sutterella Detection Kit (Cat. No. RI-0012) 使用
Veillonella属-ヒト・動物腸管内および口腔内常在菌であるVeillonella属
Veillonella Detection Kit (Cat. No. RO-0007) 使用

口腔内細菌

対象菌種(分類群)遺伝子備考
Actinomyces属-ヒト・動物腸管内および口腔内常在菌であるActinomyces属
Actinomyces Detection Kit (Cat. No. RO-0008) 使用
Aggregatibacter actinomycetemcomitans-歯周病の原因菌として注目されているA. actinomycetemcomitans
Aggregatibacter actinomycetemcomitans Detection Kit (Cat. No. RO-0011) 使用
Bacteroides fragilis-ヒト・動物腸管内および口腔内B. fragilis
Bacteroides fragilis Detection Kit (Cat. No. RO-0003) 使用
Campylobacter属-臨床細菌学的に重要な、ヒト・動物腸管内および口腔内Campylobacter属
Campylobacter Detection Kit (Cat. No. RO-0006) 使用
Candidate Division TM716S歯周炎との関わりが注目されているCandidate Division TM7
Fusobacterium属-臨床細菌学的に重要な、ヒト・動物腸管内および口腔内Fusobacterium属
Fusobacterium Detection Kit (Cat. No. RO-0005) 使用
Fusobacterium nucleatum16S歯周病の原因菌として注目されているF. nucleatum
Leptotrichia属-口腔内常在菌であるLeptotrichia属
Leptotrichia Detection Kit (Cat. No. RO-0012) 使用
Leptotrichia属-口腔内常在菌であるLeptotrichia属
Leptotrichia Detection Kit (Cat. No. RO-0012) 使用
Prevotella属-ヒト・動物腸管内および口腔内Prevotella属
Prevotella Detection Kit (Cat. No. RO-0004) 使用)
Porphyromonas gingivalis-ヒトの歯肉溝に生息し、歯周病の原因菌として注目されている
P. gingivalis Porphyromonas gingivalis Detection Kit (Cat. No. RO-0010) 使用
Streptococcus mutans-う蝕に関与するS. mutans
Streptococcus mutans Detection Kit (Cat. No. RO-0002) 使用
Streptococcus intermedius-ヒト口腔内常在菌であるS. intermedius
Streptococcus intermedius Detection Kit (Cat. No. RO-0015) 使用
Staphylococcus aureus-臨床細菌学的に重要な、ヒト・動物腸管内および口腔内S. aureus
Staphylococcus aureus Detection Kit (Cat. No. RO-0009) 使用
Treponema denticola-歯周病の原因菌として注目されているT. denticola
Treponema denticola Detection Kit (Cat. No. RO-0013) 使用
Veillonella属-ヒト・動物腸管内および口腔内常在菌であるVeillonella属
Veillonella Detection Kit (Cat. No. RO-0007) 使用

皮膚常在菌

対象菌種(分類群)遺伝子備考
Acinetobacter属16Sヒト腸内・皮膚の常在菌であるAcinetobacter属
Chryseobacterium属16Sヒト腸内・皮膚の常在菌であるChryseobacterium属
Propionibacterium acnesgrpE皮膚の常在菌であるP. acnes
Staphylococcus epidermidisgmk表皮ブドウ球菌であるS. epidermidis
Staphylococcus warnerisodA皮膚の常在菌であるS. warneri

海水・環境水

対象菌種(分類群)遺伝子備考
Aeromonas属-河川水、泥土、魚や貝類から分離され、下痢症と関連するAeromonas属
Aeromonas Detection Kit (Cat. No. RE-0001) 使用
Legionella属-水系、土壌など広く自然界に分布するLegionella属
Legionella Detection Kit (Cat. No. RE-0005) 使用
Legionella pneumophilamip水系、土壌など広く自然界に分布し、レジオネラ肺炎の原因菌である
L. pneumophila
Listeria属prsA食品中あるいは環境中のListeria属
Listeria monocytogeneshlyA食品中あるいは環境中のL. monocytogenes
Serratia marcescensgyrB水、土壌、牛乳などから腐生菌として検出されるS. marcescens
Vibrio属ftsZ自然界では海水などの水中に多く存在する環境中の常在細菌であるVibrio属
Vibrio vulnificusvvh海水や海泥、そこに生息する魚介類に広く分布し、感染性胃腸炎や重篤な敗血症の原因になるV. vulnificus
Vibrio parahaemolyticustlh海水に広く存在し、食中毒の原因菌である腸炎ビブリオ V. parahaemolyticus

バイオ浄化

対象菌種(分類群)遺伝子備考
Dehalobacter属16S検体中に含まれるDehalobacter属
Dehalococcoides属16S検体中に含まれるDehalococcoides属
Dehalococcoides属bvcADCEsあるいはVCからエチレンへの分解酵素遺伝子であるbvcA遺伝子
Dehalococcoides属vcrADCEsあるいはVCからエチレンへの分解酵素遺伝子であるvcrA遺伝子
Dehalococcoides属tceATCEから塩化ビニルVCへの分解酵素遺伝子であるtceA遺伝子

窒素循環(硝化/脱窒)

対象菌種(分類群)遺伝子備考
アンモニア酸化細菌amoAアンモニア酸化細菌が有するアンモニア酸化酵素遺伝子 (amoA)
アンモニア酸化アーキアarch-amoAアンモニア酸化アーキアが有するアンモニア酸化酵素遺伝子 (arch-amoA)
Anammox 細菌hzo汚水処理の分野で注目されている嫌気的アンモニア酸化 (アナモックス) 反応を担うアナモックス細菌
亜硝酸還元菌nirS亜硝酸還元菌が有する亜硝酸還元酵素遺伝子 (nirS)
亜硝酸還元菌nirK亜硝酸還元菌が有する亜硝酸還元酵素遺伝子 (nirK)
窒素固定細菌nifH窒素固定細菌が有する窒素固定に関連するニトロゲナーゼ遺伝子 (nifH)
亜酸化窒素還元菌nosZ亜酸化窒素還元菌が有する亜酸化窒素還元酵素遺伝子 (nosZ)
亜硝酸酸化細菌 (Nitrobacter属)norB亜硝酸酸化細菌であるNitrobacter属の有する亜硝酸酸化還元酵素遺伝子 (norB)
亜硝酸酸化細菌 (Nitrobacter属)16S亜硝酸酸化細菌であるNitrobacter属
亜硝酸酸化細菌 (Nitrospira属)16S亜硝酸酸化細菌であるNitrospira属
Pseudomonas aeruginosagyrB窒素循環において重要な役割を担うP. aeruginosa

微生物腐食

対象菌種(分類群)遺伝子備考
硫酸還元菌dsrB金属の微生物腐食に関与する硫酸塩還元菌が有する硫酸塩還元酵素遺伝子 (dsrB)
鉄細菌-金属の微生物腐食に関与する鉄細菌
(Leptothrix属およびSphaerotilus属)Leptothrix/Sphaerotilus Detection Kit (Cat. No. RE-0002) 使用
鉄細菌-金属の微生物腐食に関与する鉄細菌
(Gallionella属およびSideroxydans属)Gallionella/Sideroxydans Detection Kit (Cat. No. RE-0003) 使用
鉄細菌 (Prolixibacter属)-金属の微生物腐食に関与する鉄細菌であるProlixibacter属
Prolixbacter Detection Kit (Cat. No. RE-0006) 使用
鉄酸化細菌 (Leptospirillum属)gyrB金属の微生物腐食に関与する鉄酸化細菌であるLeptospirillum属
硫黄酸化細菌soxB金属の微生物腐食に関与する硫黄酸化細菌が有する硫黄酸化酵素遺伝子 (soxB)
硫黄酸化細菌 (Acidithiobacillus属)16SsoxB遺伝子を有しない硫黄酸化細菌であるAcidithiobacillus属
メタン菌mcrA金属の微生物腐食に関与するメタン生成菌が有するメタン酵素遺伝子 (mcrA)

食品

対象菌種(分類群)遺伝子備考
Alicyclobacillus属-耐熱性好酸性菌であるAlicyclobacillus属
Alicyclobacillus Detection Kit (Cat. No. RF-0002) 使用
Bacillus subtilis subsp. subtilis-食品中あるいは環境中のB. subtilis subsp. subtilis
Bacillus subtilis subsp. subtilis Detection Kit (Cat. No. RF-0009) 使用
Bifidobacterium animalis subsp. lactis16S-23S食品中あるいは環境中のB. animalis subsp. lactis
Bifidobacterium longum16S食品中あるいは環境中のB. longum
Enterococcus faecalis-食品中あるいは環境中のE. faecalis
Enterococcus faecalis Detection Kit (Cat. No. RF-0003) 使用
Saccharomyces cerevisiaenmd3食品中あるいは環境中のS. cerevisiae
Streptococcus thermophilus-食品中のS. thermophilus
Streptococcus thermophilus Detection Kit (Cat. No. RF-0004) 使用
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus-食品中のL. delbrueckii subsp. bulgaricus
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus Detection Kit (Cat. No. RF-0005) 使用
Lactobacillus brevis-食品中のL. brevis
Lactobacillus brevis Detection Kit (Cat. No. RF-0006) 使用
Lactobacillus rhamnosus16S食品中あるいは環境中のL. rhamnosus
Lactobacillus helveticus-食品中のL. helveticus
Lactobacillus helveticus Detection Kit (Cat. No. RF-0007) 使用
Lactobacillus paraplantarum-食品中のL. paraplantarum
Lactobacillus paraplantarum Detection Kit (Cat. No. RF-0008) 使用
Lactobacillus plantarumrecA食品中あるいは環境中のLactobacillus plantarum
Lactococcus lactisgapB食品中あるいは環境中のL. lactis
Listeria属prsA食品中あるいは環境中のListeria属
Listeria monocytogeneshlyA食品中あるいは環境中のListeria monocytogenes
芽胞菌spo0A食品中あるいは環境中の芽胞菌 (Bacillus/Geobacillus/Anoxybacillus etc)
酢酸菌-Acetobacter属/Acidomonas属/Gluconacetobacter属/Gluconobacter属/Kozakia属/Tanticharoenia属
Acetic acid bacteria Detection Kit (Cat. No. RF-0001) 使用

その他

対象菌種(分類群)遺伝子備考
メタン酸化細菌pmoAメタン酸化細菌が有するメタンモノオキシゲナーゼ遺伝子 (pmoA)
水素産生菌hydA検体中に含まれる水素産生菌
Candidate Division TM716S活性汚泥、環境水などに存在するCandidate Division TM7
Thiothrix属-活性汚泥中の糸状性細菌であるThiothrix属
Thiothrix Detection Kit (Cat. No. RE-0004) 使用

報告内容

ご指定いただいたプライマーを用いて増幅したPCR 産物を、電気泳動することで出現したバンドパターンの画像を報告いたします。

必要検体量・送付方法、検体の返送

検体区分と検体送付のご案内」をご参照下さい。

価格・納期

内容(解析例) 単位 単価 納期
検体数1、ターゲット1 の場合 検体 35,000円 14営業日~
 検体数2、ターゲット2の場合 検体 34,000円
検体数5、ターゲット3の場合  検体 23,000円
 検体数10、ターゲット2 の場合 検体 19,000円  

依頼書の入手と同意事項の確認

ご依頼前の同意事項、ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・ 新たにプライマーを合成する場合、合成費用や菌株購入費用、スタンダード作製費用が必要となります。
・ リアルタイムPCR解析の16S rRNA遺伝子は,細菌種により保有している量(コピー数)が異なるため、16S rDNA のコピー数が実際の細菌数と等しいわけではない点を考慮すべきであると考えられています。
・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

分析のご依頼は、以下のファイルをダウンロード頂きお申し込み下さい。

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