PCR-DGGE(ゲル電気泳動)

説明

複数の生物種が混在する検体から混合核酸を抽出後、片側のプライマーにGC クランプを付加したプライマーセットでPCR増幅します。
増幅された二本鎖DNA が分子量の違いだけではなく、変性剤濃度勾配ゲルで電気泳動した際、変性のしやすさの違いによる移動度の差を利用することで、DNA バンドとして分離する解析方法です。

解析内容

対象カテゴリー 遺伝子領域
細 菌 16S rDNA V3領域 (約160 bp) 
アーキア 16S rDNA V3領域 (約175 bp)
菌 類 28S rDNA D2領域 (約260 bp)
特定分類群、機能遺伝子その他 Lactobacillus属などの特定分類群、機能遺伝子を用いたDGGE解析を希望される場合、別途お問い合わせ下さい。
内容
  1. DNA抽出
  2. DNA を鋳型としたPCR 増幅
  3. DGGE 解析
  4. ゲルの写真撮影
  5. ゲルからDNA バンドの切り出し(バンド切り出しありの場合のみ)

報告内容

「バンド切り出しあり」の場合には、DGGE ゲルの写真に、検体ごと鮮明なバンド(切り出し後、DGGEバンド塩基配列解析で配列が得られる可能性が高いバンド)にアルファベットのa,b,c・・・を付記し、画像として報告いたします。

「バンド切り出しなし」の場合、アルファベット表記はありません。
叢がバンドパターンとして可視化できることから、時間系列による微生物群集構造の変化の観察、種々の検体中に存在する優占微生物種の比較や特定微生物種の検出などに応用されています。

必要検体量・送付方法、検体の返送

検体区分と検体送付のご案内」をご参照下さい。

価格・納期

項目 検体数 単位 バンド切り出しあり バンド切り出しなし 
単価 目安納期 単価   目安納期
PCR-DGGE 1~2 検体 31,000円 16営業日~ 27,000円 14営業日~
3~5 検体 19,000円 19,000円
6~9 検体 15,000円 15,000円 
10~ 検体 14,000円 14,000円 

 数値化、データ解析

 

DGGE 解析の結果(画像)で得られたバンドパターンを数値化します。さらにDGGE 数値化データを用いて、クラスター解析および主成分分析を行います。
DGGE 解析の結果は、当社で実施したもの以外でも、画像をご提供いただけますと解析可
能です。
クラスター解析は、バンドパターンを数値化したデータを似たものを集めて集落(クラスター)を作り、対象を
分類する方法です。
主成分分析は、多くの変数に重み(ウェイト)をつけて少数の合成変数を作る分析方法です。

項目 検体数 単 位 バンド切り出しなし
単価 目安納期
DGGEバンドの数値化※1 1 検体(条件) 3,000円 お問い合わせ下さい。
DGGE数値化データを用いた解析
(クラスター解析※2および主成分分析※3
1 検体

2,000円

※1 同一ゲル上のDGGE バンドに限ります。バンドの輝度を表す数値を解析に用いるかはご選択下さい。
※2 Ward 法、群平均法からご選択下さい。

※3 表示方法:二次元もしくは三次元をご選択下さい。

  eDNA-DGGE 解析

(独)農業環境技術研究所の農林水産省委託プロジェクト「土壌微生物相の解明による土壌生物性の解析技術の開発」(eDNA プロジェクト)における「PCR-DGGE による土壌細菌・糸状菌相解析法」の泳動条件のDGGE 解析を行います。
eDNA
プロジェクトの詳細は、独立行政法人農業環境技術研究所のホームページをご参照下さい。

  群間比較
・ 2 群間の比較(マン・ホイットニーのU 検定、対応のあるt 検定からご選択下さい。)

 価格・納期

項目 検体数 単 位 バンド切り出しなし
単価 目安納期
eDNA-DGGE解析/細菌
eDNA-DGGE解析/糸状菌
1~2 検体 34,000円 15営業日
3~5 検体 24,000円
6~9 検体 21,000円
10~ 検体 19,000円

依頼書の入手と同意事項の確認

ご依頼前の同意事項、ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・ 細菌と糸状菌を両方ともに解析を実施する場合には、解析費用は2 倍になります。
・ DGGE 解析は1 回につき16 検体まで同一ゲルでの泳動が可能です。17 検体以上を同時に比較・解析が必要な場合、当社までお問い合わせ下さい。
・ eDNA プロジェクトとは、DGGE バンドパターンをデータベース化、比較するものでバンドの切り出しは行いません。DGGE バンド切出しや帰属分類群の推定が必要な場合、「PCR-DGGE 解析(ゲル電気泳動)」をご利用下さい。
・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

分析のご依頼は、以下のファイルをダウンロード頂きお申し込み下さい。