次世代シーケンス・アンプリコン データ解析/RDP,微生物同定データベース

説明

次世代シーケンス・アンプリコン解析より得られたデータ(各配列)の帰属分類群を推定するためには、当社「微生物同定データベース」※1、またはRDP(Ribosomal Database Project) などのデータベースに対する解析が必要です。

当社デー
タベースは、種レベルの解析が可能ですが、検体の種類によってはRDP による解析、あるいは両データベースを用いた解析が好ましいこともあります。

データベースの特徴

データベース 内     容 分類群の推定精度
RDP: Multiclassifier RDPによる帰属分類群の推定を行います。検体ごとに各分類群と配列数を表記いたします。
検体ごとの菌群数をもとに界~属レベルのドーナツグラフを作製します。また検体間の比較グラフの作製およびクラスター解析・主成分分析を用いて検体間の比較を行います※2
界~属
テクノスルガ・ラボ
「微生物同定データベース」※1
当社微生物同定データベースによる相同性検索を行います。検体ごとに各菌群名と配列数を表記いたします。
検体ごとの菌群数をもとに界~種レベルのドーナツグラフを作製いたします。また検体間の比較グラフの作製およびクラスター解析・主成分分析を用いて検体間の比較を行います※3
界~種

報告内容

  • ドーナツグラフ
  • 解析例
  • 検体間比較グラフ
  • クラスター解析
  • 主成分分析

 

各検体で得られたDNA 塩基配列の帰属分類群を界、門、網、目、科、属、種の各階層で、ドーナツグラフの中心から外側へ順に示します。

異なる分類階層(門~属または種レベル)の帰属分類群とその割合を一つのグラフで同時に示すことで、群集構造の理解を視覚的にサポートします。
html ファイルで納品します。グラフ上でカーソルを移動することにより、各階層の各分類群の名前が表示されます。

 

・ 当社「微⽣物同定データベース」による界〜種レベルの解析例です。RDP では、界〜属レベルの解析結果をご報告いたします。
・ ⼀覧をエクセルファイルで納品いたします。

RDP では界~属レベルまで、テクノスルガ・ラボ微生物同定データベースでは種~門レベルの各分類階層で、帰属分類群の内訳を示します。図は、糞便、唾液、皮、土壌、汚泥、河川水の計6 検体を種レベルで比較した結果を示します。
デンドログラムおよび、ヒートマップ画像が階層(種(属)~門レベル)
ごとに作成されます。
主成分の二次元プロット画像が階層(分類階級)ごとに作成されます。検体間の相違を散布図で示します。

価格・納期

データベース/次世代シーケンス・アンプリコンデータ解析 検体数 単位 単価 納期
RDP  1~5 検体 7,000円 8営業日
6~ 検体 4,000円 お問い合わせ下さい
テクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」 1~5 検体 7,000円 8営業日
6~ 検体 4,000円 お問い合わせ下さい
RDPおよびテクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」 1~5 検体 11,000円 10営業日
6~ 検体 6,000円 お問い合わせ下さい

※ 菌類の解析は、RDP 解析に限ります。 

依頼書の入手と同意事項の確認

ご依頼前の同意事項、ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・ 当社次世代シーケンス・アンプリコン解析を行っていないデータの解析をご要望の場合には、別途お問合せ下さい。
・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

分析のご依頼は、以下のファイルをダウンロード頂きお申し込み下さい。

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