次世代シーケンス・アンプリコン データ解析/QIIME

説明

次世代シーケンス・アンプリコン解析より得られたデータ(各配列)を用いて、微生物相解析のために開発されたパッケージソフトウェアQIIME(http://qiime.org/)で解析します。
QIIME はOTU の取得、微生物相の解析、OTU をもとにした系統樹の作成、α レアファクション解析、β 多様性解析 (PCoA 解析)が可能であり、微生物生態学分野の論文で多数使用されています。 

特徴① リファレンスがつかないOTU 配列に対してもdenovo OTU picking を行うことで検体間の比較ができるため、環境検体などの解析に用いられています。
特徴② 「αレアファクション解析」, 「β多様性解析」および「タクソノミー解析」では、検体間あるいはカテゴリー間で、OTU 数や構成比、 微生物相の類似性を比較することが可能です。また、各解析で検体間あるいはカテゴリー間に有意差が認められるかを統計学的検定できます。統計解析についてはオプションとなりますので、お問い合わせ下さい。

データベースの特徴

データベース 検体数 内容 推定精度
Greengenes database
OTU 取得 OTU(97%※1)を取得し、系統樹※2のもとになるファイルを作成します。 門~属
二次解析 αレアファクション解析、β多様性解析およびクラスター解析(UPGMA)を用いて検体間の比較を行います。
検体毎あるいはカテゴリー※3ごと
に、帰属分類群を推定し、各菌群の割合をarea chart およびbar chartで図示します。

※1 97%をデフォルトとします。この他のcut-off 条件を希望される場合には、お問い合わせ下さい(追加対応の場合別途費用)。
※2 系統樹につきましては、系統樹のもとになるファイルを提供し、閲覧可能なソフト(図参照)を案内いたします。
※3 依頼書にて、カテゴリー(検体の種類)をお知らせいただけますと、例えば、異なる二系列間の差をarea chart およびbar chart による図示やαレアファクション解析およびβ多様性解析による解析で比較が可能です。二次解析は、2 検体以下の場合実施できません。

報告内容

  • バーチャート・エリアチャート
  • OTU 代表配列の系統樹
  • α多様性解析など

 

 

 

 
 

価格・納期

データ解析QIIME 検体数 単 位 単価 納期
OTUの取得のみ 3~5 検体 6,000円 8営業日
6~ 検体 3,000円 お問い合わせ下さい
OTUの取得~二次解析 3~5 検体 8,000円 10営業日
6~ 検体 5,000円 お問い合わせ下さい
二次解析のみ 3~5 検体 4,000円 +2営業日
6~ 検体 2,000円 お問い合わせ下さい

依頼書の入手と同意事項の確認

ご依頼前の同意事項、ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・ 当社次世代シーケンス・アンプリコン解析を行っていないデータの解析をご要望の場合には、別途お問合せ下さい。
・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

分析のご依頼は、以下のファイルをダウンロード頂きお申し込み下さい。

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