次世代シーケンス・アンプリコン データ解析/ヒートマップ・クラスター解析

説明

次世代シーケンス・アンプリコン解析結果について、検体間の菌叢の類似性および各分類群の存在割合を視覚的に表す際には、ヒートマップ・クラスター解析をおすすめいたします。

次世代シーケンス・アンプリコンデータ解析/QIIME で出力されたOTU テーブルを用いて、各検体間の類似度を算出し、ヒートマップの作成およびクラスター解析をします。ヒートマップ中の各OTU の検出率をZ スコアとしてグラデーションで示し、OTU 間の検出率と検体の菌叢間の類似度を基にそれぞれ樹形図で示します。

各分類階級別 (門から属)、微生物同定データベースによる各分類階級別 (門から種)の割合(%) を用いたヒートマップの作成、クラスター解析も可能です。

解析内容

QIIME により出力されたOTU テーブルから分類階級別 (門から属) に、R ソフトウェアのamap パッケージを用いて、各検体間のユークリッド距離を算出し、ward 法によりヒートマップの作成およびクラスター解析を⾏います。

使用データ
QIIME (OTU table)

報告内容

・ヒートマップおよびクラスター解析の図: JPG 形式

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価格・納期

ヒートマップ解析 検体数 単位 単価 納期
R による解析
1~5 検体 5,000円 10営業日
6~ 検体 2,000円 お問い合わせ下さい
JMP による解析
1~5 検体 5,000円 10営業日
6~ 検体 3,000円 お問い合わせ下さい

依頼書の入手と同意事項の確認

ご依頼前の同意事項、ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・ 当社次世代シーケンス・アンプリコンデータ解析/QIIME を行っていないデータの解析をご要望の場合には、別途お問合せください。
・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

分析のご依頼は、以下のファイルをダウンロード頂きお申し込み下さい。