次世代シーケンス・アンプリコン データ解析/箱ひげ図作成

説明

次世代シーケンス・アンプリコン解析結果について、データのばらつき具合を可視化したい場合には、箱ひげ図の作成
をおすすめします。
次世代シーケンス・アンプリコンデータ解析/QIIME で出力されたOTU テーブルやαレアファクション解析で出力された多様性指数、β多様性解析で出力されたUnifrac 距離を用いて、箱ひげ図を作成します。

各分類階級別 (門から属)、微生物同定データベースによる各分類階級別 (門から種)の割合(%) を用いた箱ひげ図の作成も可能です。

(1) R Core Team. (2013). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna.
(2) Caporaso JG, Kuczynski J, Stombaugh J, et al. (2010). QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data. Nature Methods 7(5), 335–336.

解析内容

箱ひげ図は、検体内やグループ内におけるデータのばらつき具合を図示します。また複数検体間やグループ間のデータのばらつきは、統計学的検定を行うことができます。
JMP 統計ソフトウェア (https://www.jmp.com/ja_jp/home.html) やR1),QIIME2)により箱ひげ図を作成、t 検定や多重比較検定を行うことができます。

使用データ
・QIIME (OTU table)
・αレアファクション解析で出力された多様性指数 (Chao1 やShannon 指数など)
・β多様性解析で出力されたUnifrac 距離行列。

報告内容

・箱ひげ図:JPG 形式 ・統計解析結果:エクセル形式

価格・納期

箱ひげ図作成 検体数 単位 単価 納期
JMP による解析 1~5 検体 5,000円 10営業日
6~ 検体 3,000円 お問い合わせ下さい

依頼書の入手と同意事項の確認

ご依頼前の同意事項、ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・ 当社次世代シーケンス・アンプリコンデータ解析/QIIME を行っていないデータの解析をご要望の場合には、別途お問合せください。
・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

分析のご依頼は、以下のファイルをダウンロード頂きお申し込み下さい。