予測メタゲノム解析

特 長

概 要

「予測メタゲノム解析」は、ショットガンメタゲノム解析を代替とする方法として、微生物とその機能が及ぼす影響をより深く研究展開するツールとして使用されています。注目する代謝経路をもとにPICRUSt(1) を用いた予測メタゲノム解析をQIIMEの追加解析として実施します。菌叢の機能の情報について、群間に有意な差が見られるかについてt検定、ノンパラメトリック検定や多重比較検定を用いて解析します。

(1) Langille MG, Zaneveld J, Caporaso JG et al. Predictive functional profiling of microbial communities using 16S rRNA marker gene sequences. Nature biotechnology, 2013;31:9, 814-821

受入可能な検体

検体の種類形式
QIIMEで出力されたOTUテーブルtxtファイルまたはbiomファイル

作業の流れ

仕 様

解析データベース内容
KEGG
(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)
https://www.genome.jp/kegg/)
菌叢から検出された機能遺伝子を機能別にまとめて、バーチャートおよびエリアチャートを作成します。

※ KEGGデータベースのアカデミックライセンスを京都大学より取得しています。

納品内容

報告内容付属データ
統計解析結果pdfファイル
機能組成結果Excelファイル

報告サンプル

価格・納期

製品名検体数単位単価
(税抜)
納期
予測メタゲノム解析1~5検体10,000円12営業日~
6~検体6,000円

依頼書の入手と同意事項の確認

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・ 当社アンプリコンシーケンスデータ解析/QIIMEを行っていないデータの解析をご要望の場合には、別途お問い合わせ下さい。
・ アンプリコンシーケンスデータ解析/RDPによる各分類階級別 (門から属)、微生物同定データベースによる各分類階級別 (門から種)の割合 (%) を用いたヒートマップの作成、クラスター解析も可能です。
・ DNAとRNAを両方ともに解析を実施する場合には、解析費用は2倍になります。
・ 
メディア(DVD)による郵送納品のみとなります。

ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。

利用規約

分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項(共通)
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。