生体関連 アンプリコンシーケンス データ解析/QIIME

特 長

  • リファレンスがつかないOTU 配列に対してもde novo OTU picking を行うことで検体間の比較が可能
  • 「α多様性解析」「β多様性解析」および「タクソノミー解析」では、検体間あるいはカテゴリー間の、OTU数や構成比、 微生物相の類似性を比較することが可能
  • 各解析で検体間あるいはカテゴリー間に有意差が認められるかを統計学的検定可能

概 要

アンプリコンシーケンスデータをQIIME(1)(http://qiime.org/)で解析します。QIIMEは菌叢解析のために開発されたソフトウェアで、OTUの取得、菌叢の構造解析、系統樹描画、α多様性解析、β多様性解析(PCoA解析)が可能です。オープンソースでもあることから微生物生態学の論文で広く用いられています。

(1) J Gregory Caporaso, et al., QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data. Nature Methods, 2010 May; 7(5): 335–336.

受入可能な検体

検体の種類形式
シーケンスデータfastqまたはfastaファイル

作業の流れ

  • ペアエンド配列・アッセンブル
  • フィルタリング・キメラチェック
  • QIIMEによるOTU取得
  • QIIMEによる二次解析

仕 様

解析データベース解析項目内容推定精度
Greengenes
database
OTU取得OTU(97%※1)を取得し、系統樹※2のもとになるファイルを作成します。門~属
2次解析α 多様性解析、β 多様性解析およびクラスター解析(UPGMA)を用いて検体間(群間※4)の比較を行います。検体(群間)ごとに、帰属分類群を推定し、各菌群の割合をエリアチャートおよびバーチャートで図示します。

※1 97%をデフォルトとします。この他のcut-off条件をご希望される場合には、お問い合わせ下さい(追加対応の場合別途費用)。
※2 系統樹につきましては、系統樹のもとになるファイルを提供し、閲覧可能なソフトを案内いたします。
※3 二次解析は、2検体以下では実施できません。
※4 依頼書にて群分け情報をお知らせいただければ、群間の差をバーチャートおよびエリアチャートによる図示や、α多様性およびβ多様性解析での比較が可能です。

納品内容・報告書サンプル

報告内容形式
決定された塩基配列 (生データ)fastqファイル
低品質およびキメラを除いた塩基配列(タクソノミーテーブル)fastaファイル
相同性検索結果html、csvファイル
αおよびβ多様性、クラスター解析の結果csv、html、png、txtファイル
  • バーチャート・エリアチャート
  • OTU 代表配列の系統樹
  • α多様性解析など

価格・納期

製品名検体数単位単価
(税抜)
納期
生体関連 アンプリコンシーケンスデータ解析/QIIME
OTUの取得のみ
3~5検体4,000円8営業日
6~2,000円お問い合わせ下さい
生体関連 アンプリコンシーケンスデータ解析/QIIME
OTUの取得~二次解析
3~5検体7,000円10営業日
6~4,000円お問い合わせ下さい
生体関連 アンプリコンシーケンスデータ解析/QIIME
二次解析のみ
3~5検体5,000円+2営業日
6~3,000円お問い合わせ下さい

依頼書の入手と同意事項の確認

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・当社アンプリコンシーケンスデータ解析を行っていないデータでの解析をご要望の場合には、別途お問い合わせ下さい。
メディア(DVD-R)による郵送納品のみとなります。
ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

ご依頼は、以下のファイルをダウンロード頂きお申し込み下さい。

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