ヒートマップ・クラスター解析

特 長

  • 検体間の菌叢の類似性および各分類群の存在割合を視覚的に表示
  • 各検体間の類似度を算出し、ヒートマップ中の各OTUの検出率をZスコアとしてグラデーションで表示
  • OTU間の検出率と検体の菌叢間の類似度を基にそれぞれ樹形図で表示

概 要

アンプリコンシーケンスデータ解析/QIIMEで出力されたOTUテーブルを用いて、ヒートマップの作成およびクラスター解析を行います。

受入可能な検体

検体の種類形式
菌叢解析結果またはOTUテーブルtxt、Excelファイル

作業の流れ

  • データフォーマット
  • Rによる解析

仕 様

解析ソフトウェア形式
R(1)ソフトウェアの"amap"パッケージ各検体間のユークリッド距離を算出し、Ward法によりヒートマップの作成およびクラスター解析を行います。

参考文献
(1) R Core Team. (2013). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna.

アンプリコン解析より得られたデータ(各配列)の帰属分類群を推定するための解析です。検体の種類によってはRDPによる解析、あるいは当社「微生物同定データベース」の両方を用いた解析が好ましいこともあります。

納品内容・報告書サンプル

解析ソフトウェア形式
ヒートマップ解析結果tiffファイル
クラスター解析tiffファイル

価格・納期

製品名検体数単位単価
(税抜)
納期
ヒートマップ・クラスター解析1~5検体7,000円10営業日
6~3,000円お問い合わせ下さい

依頼書の入手と同意事項の確認

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・当社アンプリコンシーケンスデータ解析/QIIMEを行っていないデータでの解析をご要望の場合には、別途お問い合わせ下さい
・アンプリコンシーケンスデータ解析/RDPによる各分類階級別 (門から属)、微生物同定データベースによる各分類階級別 (門から種)の割合 (%) を用いたヒートマップの作成、クラスター解析も可能です。
・メディア(DVD-R)による郵送納品のみとなります。

ご依頼は、以下のファイルよりお申し込み下さい。

利用規約

分析ごとの同意事項、ご依頼前の同意事項(共通)
およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認しました。