環境関連 PCR-DGGE

特 長

  • 菌叢をバンドパターンとして可視
  • 菌叢変化の観察、種々の検体中に存在する優占微生物種の比較や、注目する微生物種の推定
  • 様々な検体から、最適な抽出方法で対応

概 要

複数の生物種が混在する検体から混合核酸を抽出後、片側のプライマーにGCクランプを付加したプライマーセットでPCR 増幅します。増幅された二本鎖DNAが分子量の違いだけではなく、変性剤濃度勾配ゲルで電気泳動した際、変性のしやすさの違いによる移動度の差を利用することで、DNAバンドとして分離する解析方法です。

受入可能な検体

  • 環境検体
  • その他

由来検体の種類
食品発酵食品等の食品試料
活性汚泥活性汚泥試料
土壌一般土壌、火山灰等の土壌系試料
発酵試料堆肥、コンポスト、培養液等の発酵試料
環境水海水、湖沼水などの水系試料

由来検体の種類
DNA抽出物PCR増幅が確認されたDNA抽出物※
PCR産物PCR増幅が確認されたPCR産物※

※ PCR増幅が確認できたことを示す電気泳動像を必ずご提供下さい。

必要検体量・送付方法

 検体の種類必要量留意点および送付方法
環境検体活性汚泥5~10mL採取後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送
土壌1~5g
堆肥
コンポスト
環境水(海水、地下水など)100mL~1000mL
培養液5~10mL
その他DNA抽出物濃度:100ng/µL以上
容量:40µL以上
抽出後速やかに冷蔵保存、冷蔵輸送
PCR産物40µL以上お問い合わせ下さい。

作業の流れ

  • DNA抽出
  • PCR増幅
  • DGGE解析
  • 電気泳動像の写真撮影

仕 様

対象カテゴリー遺伝子領域
細菌16S rDNA V3領域 (約160 bp)
アーキア16S rDNA V3領域 (約175 bp)
菌類28S rDNA V3領域 (約260 bp)
特定分類群、機能遺伝子その他Lactobacillus属などの特定分類群、機能遺伝子を用いたDGGE解析をご希望される場合、別途お問い合わせ下さい。
解析機器内容
Dcode systemDGGE法により検体に含まれる微生物群集を解析します

納品内容・報告サンプル

電気泳動して得られたDGGEゲルのバンド写真をご報告します。 「バンド切り出しあり」ではDGGEバンド塩基配列解析で配列が得られる可能性が高い鮮明なバンドにアルファベットを付記します。「バンド切り出しなし」の場合、アルファベット表記はありません。

価格・納期

製品名検体数単位バンド切り出しあり
単価(税抜)
バンド切り出しあり
納期
バンド切り出しなし
単価(税抜)
バンド切り出しなし
納期
PCR-DGGE1~2検体38,000円16営業日~34,000円14営業日~
3~5検体27,000円24,000円
6~9検体24,000円20,000円
10~検体20,000円15,000円

オプション1

  • 数値化、クラスター解析、主成分分析
  • 特 長
  • DGGEバンドの位置、輝度を数値化し、バンドパターン化
  • クラスター解析で、検体間の類似性を可視化
  • 主成分分析で、検体間の相違を散布図で可視化
  • 当社で実施したもの以外でも、画像のご提供で解析可能
  • 概 要

PCR-DGGEの結果(画像)で得られたDGGE数値化データを用いて、クラスター解析および主成分分析を行います。

  • 受入可能な検体
検体の種類形式
PCR-DGGE 電気泳動像jpgファイル
  • 作業の流れ
  • バンドの位置・輝度の数値化
  • 解析用データの作成
  • 各種解析
  • 仕 様
製品名解析ソフトウェア内容
数値化Quantity One相対的な検体間のパターン比較に用いるため、バンドの位置・輝度を数値化します。
クラスター解析
および
主成分分析
R(1) または JMPクラスター解析および主成分分析により検体間の比較をします。

(1) R Core Team. (2013). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna.

  • 報告内容・報告書サンプル
報告内容形式
数値化Excelファイル
クラスター解析
および主成分分析
ppt、tiffまたはjpgファイル
  • 価格 ・ 納期
製品名検体数単位単価(税抜)納期
数値化※11検体3,000円5営業日
クラスター解析※21~16検体5,000円お問い合わせ下さい
17~検体お問い合わせ下さい
主成分分析※31~16検体5,000円お問い合わせ下さい
17~検体お問い合わせ下さい

※1 同一ゲル上のDGGEバンドに限ります。バンドの輝度を表す数値を解析に用いるかはご選択下さい。
※2 Ward法、群平均法からご選択下さい。
※3 表示方法:二次元もしくは三次元をご選択下さい。

オプション2

  • バンド塩基配列解析
  • PCR-DGGE(バンド切り出しあり)の追加解析 としてご依頼可能
  • 電気泳動で検出されたDNAバンドの菌種を推定可能
  • 概 要

「バンド切り出しあり」にてご依頼いただいた場合、バンドのDNA塩基配列解析が可能です。
詳細は当社までお問い合わせ下さい。

  • 価格 ・ 納期

当社までお問い合わせ下さい。

依頼書の入手と同意事項の確認

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・ 「バンド切り出しなし」の解析後、バンド切り出しを行う場合、PCR-DGGE(バンド切り出しあり)で再解析いたします。(費用はご負担下さい)。
・ PCR-DGGEは、1回につき16検体まで同一ゲルで泳動が可能です。17検体以上を同時に比較・解析が必要な場合、当社までお問い合わせ下さい。
・ 切り出したバンドの返送は、別途送料が必要となります。
・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

ご依頼は、以下のファイルをダウンロード頂きお申し込み下さい。