環境関連 アンプリコンシーケンスデータ解析/RDP,微生物同定データベース

特 長

  • 細菌・アーキア16S rDNAは、当社微生物同定データベースRDP(Ribosomal database project)の2種類で解析
  • BLASTのcut-off条件を相同率97%から自由に変更可能
  • クラスター解析および主成分分析はMetagenome@KIN(株式会社ワールドフュージョン)を用いて解析

概 要

アンプリコン解析より得られたデータ(各配列)の帰属分類群を推定するための解析です。検体の種類によってはRDPによる解析、あるいは当社「微生物同定データベース」の両方を用いた解析が好ましいこともあります。

受入可能な検体

検体の種類形式
シーケンスデータfastqまたはfastaファイル

作業の流れ

  • ペアエンド配列・アッセンブル
  • フィルタリング・キメラチェック
  • データベースによる相同性検索
  • Metagenome@KINによるデータ解析

仕 様

解析データベース解析ソフトウェア
細菌・アーキアRDP、および当社「微生物同定データベース」Metagenome@KIN
菌類RDPのみ

データベースの特徴

データベース内容分類群の推定精度
RDP: MulticlassifierRDPによる帰属分類群の推定を行います。検体ごとに各分類群と配列数を表記いたします。検体ごとの菌群数をもとに界~属レベルのドーナツグラフを作成します。また検体間の比較グラフの作製およびクラスター解析・主成分分析を用いて検体間の比較を行います※2界~属
テクノスルガ・ラボ
「微生物同定データベース」※1
当社微生物同定データベースによる相同性検索を行います。検体ごとに各菌群名と配列数を表記いたします。 検体ごとの菌群数をもとに界~種レベルのドーナツグラフを作成いたします。また検体間の比較グラフの作製およびクラスター解析・主成分分析を用いて検体間の比較を行います※3界~種

納品内容・報告書サンプル

報告内容形式
シーケンスデータfastaファイル、fastaqファイル
菌叢解析データcsvファイル
各種グラフファイルhtmlファイル
  • ドーナツグラフ
  • 解析例
  • 検体間比較グラフ
  • クラスター解析
  • 主成分分析

 

各検体で得られたDNA 塩基配列の帰属分類群を界、門、網、目、科、属、種の各階層で、ドーナツグラフの中心から外側へ順に示します。

異なる分類階層(門~属または種レベル)の帰属分類群とその割合を一つのグラフで同時に示すことで、群集構造の理解を視覚的にサポートします。
html ファイルで納品します。グラフ上でカーソルを移動することにより、各階層の各分類群の名前が表示されます。

 

・ 当社「微⽣物同定データベース」による界〜種レベルの解析例です。RDP では、界〜属レベルの解析結果をご報告いたします。
・ ⼀覧をエクセルファイルで納品いたします。

RDP では界~属レベルまで、テクノスルガ・ラボ微生物同定データベースでは種~門レベルの各分類階層で、帰属分類群の内訳を示します。図は、糞便、唾液、皮、土壌、汚泥、河川水の計6 検体を種レベルで比較した結果を示します。
デンドログラムおよび、ヒートマップ画像が階層(種(属)~門レベル)
ごとに作成されます。
主成分の二次元プロット画像が階層(分類階級)ごとに作成されます。検体間の相違を散布図で示します。

価格・納期

製品名解析データベース検体数単位単価
(税抜)
納期
環境関連 アンプリコンシーケンスデータ解析RDP1~5検体4,000円8営業日
6~検体2,000円お問い合わせ下さい
テクノスルガ・ラボ 「微生物同定データベース」※31~5検体5,000円8営業日
6~検体3,000円お問い合わせ下さい
RDPおよび テクノスルガ・ラボ 「微生物同定データベース」※31~5検体8,000円10営業日
6~検体5,000円お問い合わせ下さい

※1 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センターのご支援により当社が構築した「微生物同定データベース」は、帰属分類群の推定に重要である基準株やタイプ株などに由来するDNA配列データで構成されており、当社の微生物同定システム「ENKI®」にも使用されています。

本データベースにおけるBLASTのcut-off条件は、相同率97%となっておりますが、この他の相同率の設定も可能ですのでお問い合わせ下さい。ただし、相同率が低い場合にヒットした細菌種は、最近縁種となりますので予めご留意下さい。

※2 クラスター解析および主成分分析はMetagenome@KIN(株式会社ワールドフュージョン)を用いて解析いたします。他のソフトを用いて解析をご希望される場合には、別途ご連絡下さい(別途費用)。クラスター解析では、クラスタリング手法(群平均法;UPGMA)および距離関数(ピアソンの相関係数)をデフォルト設定としていますが、このほかの設定をご希望される場合には、予めご連絡下さい。クラスター解析および主成分分析は、2検体以下の場合実施できません。

※3 菌類の解析は、RDP解析に限ります。

依頼書の入手と同意事項の確認

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・当社アンプリコンシーケンス解析を行っていないデータの解析をご要望の場合には、別途お問い合わせ下さい。
・メディア(DVD-R)による郵送納品のみとなります。
・ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。

ご依頼は、以下のファイルをダウンロード頂きお申し込み下さい。

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