箱ひげ図作成

特 長

  • データのばらつき具合を可視化
  • 複数検体間やグループ間のデータのばらつきを、統計学的検定を用いて表現

概 要

アンプリコンシーケンスデータ解析/QIIMEで出力されたOTUテーブルやα多様性解析で出力された多様性指数、β多様性解析で出力されたUnifrac距離を用いて、箱ひげ図を作成します。

受入可能な検体

検体の種類形式
QIIMEで出力されたOTUテーブル(OTU table)ファイルのフォーマット形式はお問い合わせ下さい。
α多様性解析で出力された多様性指数(chao1やShannon指数)
β多様性解析で出力されたUnifrac距離(Unifrac距離行列)

作業の流れ

  • データフォーマット化
  • Rによるデータ解析

仕 様

解析ソフトウェア形式
R(1)ソフトウェアの"amap"パッケージ箱ひげ図を作成、t検定、ノンパラメトリック検定や多重比較検定を行います。
QIIME(2)

(1)  R Core Team. (2013). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna.
(2)  Caporaso JG, Kuczynski J, Stombaugh J, et al. (2010). QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data. Nature Methods 7(5), 335–336.

納品内容・報告書サンプル

解析ソフトウェア形式
箱ひげ図jpgファイル
統計解析Excelファイル

価格・納期

製品名検体数単位単価
(税抜)
納期
箱ひげ図作成1~5検体6,000円10営業日
6~検体3,000円お問い合わせ下さい

依頼書の入手と同意事項の確認

ご依頼前の同意事項(共通) およびテクノスルガ・ラボ基本約款 を確認してお申込み下さい。

・当社アンプリコンシーケンスデータ解析/QIIMEを行っていないデータの解析をご要望の場合には、別途お問い合わせ下さい。
・メディア(DVD-R)による郵送納品のみとなります。
・アンプリコンシーケンスデータ解析/RDPによる各分類階級別 (門から属)、微生物同定データベースによる各分類階級別 (門から種)の割合 (%) を用いた箱ひげ図の作成も可能ですので、お問い合わせ下さい。

  • 依頼書はコチラ

ご依頼は、以下のファイルをダウンロード頂きお申し込み下さい。